Die Scanalyze-Anwendung wurde entwickelt, um ein Programm zur Analyse von DNA-Microarray-Bildern zu sein. Es arbeitet auf fluoreszierenden Bildern von einzelnen oder zweifarbigen fluoreszierenden Hybridierungen und erzeugt eine Tabelle der Ergebnisse für nachfolgende Analysen. Scanalyze stellt ein interaktives grafisches Umfeld zur Durchführung dieses Prozesses zur Durchführung dieses Prozesses bereit - und bietet Werkzeuge, um diesen Prozess zu vereinfachen und zu semi-automatisieren. Nach dem Rüstung extrahiert Scanalyse Informationen an jedem Punkt (Fluoreszenzintensitäten, Hintergrundintensitäten, Floureszenzverhältnisse sowie eine Vielzahl von Qualitätskontrollparametern) und speichert eine Datendatei zur Verwendung in nachfolgenden Analysen.
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