Fastml wurde als ein Programm zum Berechnen der Ahnen-Aminosäuresequenzen eines phylogenetischen Baums entwickelt. Verwendung: FASTML verwendet Flags in den Befehlszeilenargumenten: -Für Hilfe, Typ "Fastml.exe -h" -S SEQ.ALN = Der Name des Sequenzeingangsdateis. -t tree.txt = der Name der Eingabebaumdatei (Newick-Format). Das Programm erkennen automatisch eine dieser Sequenzformate: Phylip, Molphy, FASTA, MAIL, Clustal oder Nexus. Verwenden Sie die Option -M, um ein Modell auszuwählen. Die folgenden Modelle werden unterstützt (für Aminosäuren): Tag, JTT, REV, CPREV, WAG, JC. Für Nukleotide wird derzeit nur das JC-Modell unterstützt. Das Standardmodell ist das JTT.
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