Anc-Gen Inferenz von Ahnen-Gensequenzen durch die distanzbasierte Bayeser-Methode
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Anc-Gen Ranking & Zusammenfassung

Anc-Gen Stichworte

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Anc-Gen Beschreibung

Die ANC-Gen-Anwendung wurde entwickelt, um ein kleines Befehlszeilenwerkzeug für das Inferenz von Ahnen-Nukleotidsequenzen von Protein-kodierenden Genen aus einem Satz von Heue-Tages-Sequenzen zu sein, deren phylogenetische Beziehungen bekannt sind. Das Programm schließt zunächst die Aminosäuren durch das entfernungsbasierte Bayesian-Verfahren ab und schließt dann die daraus liegenden Nukleotidsequenzen durch Fixieren der abgeleiteten Aminosäuren ab. Um das Programm zu verwenden, benötigen Sie eine Eingabedatei mit den DNA-Sequenzen und der Tree-Topologie dieser Sequenzen (siehe RNase.Seq für ein Beispiel). Diese Datei beginnt mit zwei Zahlen: die Anzahl der Sequenzen und die Anzahl der Nukleotide pro Sequenz (Sequenzlänge). Die zweite Zeile ist der Name der ersten Sequenz, und die dritte Zeile ist die erste Reihenfolge und so weiter. Nur A, T, C, G, A, T, C und G sind in den Sequenzen erlaubt. Die Sequenzen sollten ausgerichtet sein und Lücken oder andere Symbole entfernt werden. Die letzte Zeile der Datei ist die Tree-Topologie der Sequenzen. Das Baumformat ist derselbe wie das in Phylip-Paket (Felsenstein 1995). Beachten Sie, dass der Baum dekoriert ist, sodass die Drasivifikation statt der Bilanz für den tiefsten Verzweigungsknoten erforderlich ist.

Anc-Gen Zugehörige Software