Ng-new. Eine modifizierte Nei-Gojobori-Methode zum Computing-und nichtsynonymen Entfernungen
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Ng-new. Ranking & Zusammenfassung

Ng-new. Stichworte

Reihenfolge DNA-Sequenz Dna. Nukleotide Rate von Nonsynonym patristische Entfernungen finden. auch Entfernung nicht-synonyme Entfernung radikale Nichtsonnenniefische Entfernung Synonyme Substitution. Nichtsnoundonyme Substitution. Modifizierte rationale Methode gleichbedeutend

Ng-new. Beschreibung

Die ng-neue Anwendung wurde ein kleines Befehlszeilen-Tool zur Schätzung von Synonym und nichtsynonyme Entfernungen zwischen Protein-Codier-DNA-Sequenzen entwickelt. Die Methode wird von der ursprünglichen Nein- und Gojobori-Methode (1986) modifiziert, um die Übergangsvorspannung zu berücksichtigen. Um das Programm zu verwenden, benötigen Sie eine Eingabedatei mit den Protein-Codier-DNA-Sequenzen (siehe RNase.Seq für ein Beispiel). Diese Datei beginnt mit zwei Zahlen: die Anzahl der Sequenzen und die Anzahl der Nukleotide pro Sequenz (Sequenzlänge). Die zweite Zeile ist der Name der ersten Sequenz, und die dritte Zeile ist die erste Reihenfolge und so weiter. Es sind nur ein, g, c, t, a, g, c und t erlaubt. Lücken sollten entfernt werden und Sequenzen sollten vorher ausgerichtet sein. Die Sequenzen sollten nur Protein-kodierende Bereiche enthalten, wobei Stop-Codons entfernt werden.

Ng-new. Zugehörige Software