Metasim

Erzeugen Sie Synthetische Sammlungen mit dieser Anwendung.
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Metasim Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Freeware
  • Name des Herausgebers:
  • Daniel H. Huson
  • Dateigröße:
  • 14.7 MB

Metasim Stichworte


Metasim Beschreibung

Metasim ist ein nützliches Instrument, das speziell entwickelt wurde, der Ihnen dabei hilft, Sammlungen synthetischer Leser zu erstellen, die die vielfältige taxonomische Zusammensetzung typischer METAGENOM-Datensätze widerspiegeln. Basierend auf einer Datenbank mit gegebenen Genomen ermöglicht das Programm dem Benutzer, ein Metagenom zu entwerfen, indem die Anzahl der Genome angibt, indem die Anzahl der auf verschiedenen Ebenen der NCBI-Taxonomie vorhandene Genome angibt, und sammelt dann mit einer Simulation einer Reihe verschiedener Sequenzentechnologien die Reads aus dem Metagenom . Ein Populations-Sampler erzeugt optional auch entwickelte Sequenzen, die auf Quellgenomen und einem bestimmten Evolutionstaum basieren. Die resultierenden Datensätze können als standardisierte Testszenarien für Planungssequenzierungsprojekte oder für Benchmarking-Assembler und metagetenomische Software verwendet werden. Haupteigenschaften: integriert eine Datenbank für Quellgenomsequenzen erzeugt Sets synthetischer Lese- oder Meter-Paare, die auf anpassbaren Sequenzierungsfehlermodellen basieren (z. B. für die Sanger-Chemie, Roche's 454 und Illumina (ehemalige Solexa) Ermöglicht dem Benutzer, Füllewerte für jeden Organismus zu konfigurieren, um bestimmte Taxon-Kompositionen zu modellieren liefert einen Populations-Sampler, um entwickelte Sequenzen auf Basis von Quellgenomen und einem bestimmten Evolutionärbaum zu erstellen kann über die grafische Benutzeroberfläche oder im Befehlszeilenmodus gesteuert werden


Metasim Zugehörige Software

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