Stepping: SVM-Technik zur Bewertung von proteotypischen Peptiden Anmeldung zum Auswerten von proteotypischen Peptiden
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Stepping: SVM-Technik zur Bewertung von proteotypischen Peptiden Ranking & Zusammenfassung

Stepping: SVM-Technik zur Bewertung von proteotypischen Peptiden Stichworte

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Stepping: SVM-Technik zur Bewertung von proteotypischen Peptiden Beschreibung

Stepp ist ein fortschrittliches Dienstprogramm, das zum Berechnen einer Punktzahl, die darstellt, die darstellt, wie "proteotypisches" ein Peptid von LC-MS ist. Das Programm kann eine Proteindatei lesen, eine In-Silico-Verdauung durchführen und die Beobachtbarkeitsbewertung für jedes tryptische oder teilweise tryptische Peptid berechnen. Es sei angemerkt, dass größere (positive) Scores ein Peptid mittleren, um mehr proteotypischer zu sein, während niedrigere (negative) Werte bedeuten, dass das Peptid nicht vorhergesagt wird, dass sie proteotypisiert ist. Das von Steppen verwendete SVM-Modell ist ein einfacher Deskriptorraum, der auf 35 Eigenschaften von Aminosäuregehalt, Ladung, Hydrophilie und Polarität für die quantitative Vorhersage von proteotypischen Peptiden basiert. Das Modell wurde mit drei unabhängig voneinander abgeleiteten AMT-Datenbanken ausgebildet und validiert (Shewanella onsidensis, Salmonella Typhimurium, Yersinia Pestis). Der SVM führte zu einem durchschnittlichen Genauigkeitsmaß von ~ 0,8 mit einer Standardabweichung von weniger als 0,025.

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