Konvergieren konvergente und parallele Evolution auf dem Aminosäuresequenzstand
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Konvergieren Beschreibung

Diese Anwendung wurde entwickelt, um konvergente und parallele Evolution auf dem Aminosäuresequenzniveau zu testen. Es berechnet die Wahrscheinlichkeiten, dass die beobachteten konvergenten und parallelen Substitutionen auf zufällige Chance zurückzuführen sind. Dieses Paket enthält ein Programm: Converg2.exe, das in C-Sprache verfasst ist. Um das Programm zu verwenden, benötigen Sie eine Eingabedatei, die die Aminosäuresequenzen und die Tree-Topologie dieser Sequenzen enthält (siehe Lysozym.aa für ein Beispiel). Diese Datei beginnt mit zwei Zahlen: Die Anzahl der Sequenzen und die Anzahl der Aminosäure-Sites (Sequenzlänge). Die zweite Zeile ist der Name der ersten Sequenz, und die dritte Zeile ist die erste Reihenfolge und so weiter. Nur der ein Buchstabencode (aktiviert) für die 20 Aminosäuren ist in den Sequenzen erlaubt. Die Sequenzen sollten ausgerichtet sein und Lücken oder andere Symbole bereits entfernt werden. Die letzte Zeile der Datei ist die Tree-Topologie der Sequenzen. Das Baumformat ist derselbe wie das in Phylip-Paket (Felsenstein 1995). Beachten Sie, dass der Baum dekoriert ist, sodass die Drasivifikation statt der Bilanz für den tiefsten Verzweigungsknoten erforderlich ist.

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