Cmview.

Kontaktkarte Visualisierung leicht gemacht.
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Cmview. Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • Freeware
  • Name des Herausgebers:
  • Max-Planck Institute for Informatics
  • Dateigröße:
  • 2.4 MB

Cmview. Stichworte


Cmview. Beschreibung

CMView ist eine praktische, benutzerfreundliche, benutzerfreundliche, java-basierte, interaktive Kontaktkarte-Visualisierungs- und Analyseanwendung. CMView ist ein Software-Tool zum Visualisieren und Analysieren des Kontakts von Kontakten zwischen Aminosäureresten in einer Proteinstruktur. Formal ist dieses Netzwerk ein Diagramm, in dem jeder Rückstand einem Knoten entspricht, und zwei Knoten werden durch eine Kante verbunden, wenn und nur wenn die beiden Rückstände in Kontakt stehen. Zwei Rückstände gelten als in Kontakt, wenn sie in der dreidimensionalen Struktur räumlich nahe liegen. In CMView wird die Definition des Kontakts von zwei Parogenen festgelegt: der Kontakttyp und die Entfernungsabschaltung. Der Kontakttyp definiert eine Teilmenge von Atomen des Rückstands. Zwei Rückstände I und J sind dann in Kontakt, wenn zwei Atome aus dieser Teilmenge, eines von I und einer von J aus, nicht weiter auseinander sind als die Entfernungsabschaltung. Die Darstellung des Kontaktnetzwerks als Matrix (formal die Adjakenz-Matrix des Kontaktgraphen) wird als Kontaktkarte bezeichnet. Haupteigenschaften: kombinierte Kontaktkarte und 3D-Strukturansicht (mit Pymol) Verschiedene IM- und Exportoptionen: PDB-Dateien, Online-PDB, Bild-Export, CAP-Vorhersageformat und andere Berechnung von Kontaktkarten mit benutzerdefinierten Kontaktdefinitionen Integration mit Pymol für Merkmalsreiche 3D-molekulare Visualisierung Struktur und Kontaktkartenvergleich mit integrierter Sequenz oder strukturellen Ausrichtungen Entfernungskarte, Unterschiedskarte, Kontaktdichteanalyse


Cmview. Zugehörige Software

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