BN-BS. Verzweigungslängen in Bezug auf synonym- und nichtsynonyme Substitutionen schätzen
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BN-BS. Ranking & Zusammenfassung

BN-BS. Stichworte

Schätzen Einschätzung Niederlassung Bürokonsolidierung. Ast Filialstrategie ActiveX-Zweig Zweigvergleich. Rate von Nonsynonym auch Entfernung nicht-synonyme Entfernung radikale Nichtsonnenniefische Entfernung Synonyme Substitution. Nichtsnoundonyme Substitution. Abzweigungsschätzung Verzweigungslänge Name des Code-Zweigs. Code Ast Bibliothekszweig. Zweigzugang. gleichbedeutend

BN-BS. Beschreibung

Die BN-BS-Anwendung wurde entwickelt, um auch für die Schätzung von Verzweigungslängen in Bezug auf synonyme und nichtsynonyme Substitutionen pro Site, während die Tree-Topologie gegeben ist. Das Programm verwendet die modifizierte Nei-Gojobori-Methode, um auch paarweise und nichtsynonymonyme Entfernungen zwischen den Anwesensequenzen zu schätzen, und schätzt dann Verzweigungslängen und ihre Abweichungen mithilfe der gewöhnlichen Methode der kleinsten Quadrate. Um das Programm zu verwenden, benötigen Sie eine Eingabedatei, die die Protein-Codier-DNA-Sequenzen enthält (siehe ein Beispiel). Diese Datei beginnt mit zwei Zahlen: die Anzahl der Sequenzen und die Anzahl der Nukleotide pro Sequenz (Sequenzlänge). Die zweite Zeile ist der Name der ersten Sequenz, und die dritte Zeile ist die erste Reihenfolge und so weiter. Nur A, G, C, T, A, G, C und T sind in Sequenzen erlaubt. Lücken sollten entfernt werden und Sequenzen sollten vorher ausgerichtet sein. Die letzte Zeile der Datei ist die Tree-Topologie der Sequenzen. Das Baumformat ist derselbe wie das in Phylip-Paket (Felsenstein 1995). HINWEIS

BN-BS. Zugehörige Software