Novocraft. Eine Reihe von Programmen, die für eine genaue und hohe Geschwindigkeitsausrichtung der kurzen Lesungen an Genome aufweisen.
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Novocraft. Beschreibung

Eine Reihe von Programmen, präzise und mit hohen Geschwindigkeit Ausrichtung der Kurz ausgelegt für liest Referenz Genome. Novocraft ist ein Paket, das eine Reihe von Programmen, die für präzise und mit hoher Geschwindigkeit Ausrichtung von kurzen liest Referenzgenome liefert. Neuartige Merkmale umfassen die Verwendung von Grundqualitäten in der Lese- und mehrdeutige Nukleotid-Codes in den Referenzsequenzen für die Ausrichtung. Hier sind einige der wichtigsten Features von Novocraft: Novoalign - Unsere Ausrichter für Einzel- und Ende kurz gepaart lautet: · Unterstützung für gzipped Eingabedateien (nur kommerzielle Version, fordern Sie hier eine Testlizenz.) · 5' Adapter Strippen Option (Commercial-Version) · Multi-Threading für Extraleistung (Commercial-Version) · Full-Index unterstützt Needleman-Wunsch Ausrichtung mit affinen Lückenstrafen und Qualität Scoring · Phred Stil Scoring und Ausrichtung Qualitäten · Novoalign ist auch in der Lage Unterstützung für die iterative Ausrichtung Prozess zu ermöglichen. · Indexed Genom geladen in den gemeinsamen Speicher für die Wiederverwendung in Multiprozessing · Kann verwenden fasta, fastq, Solexa fastq, PRB Eingabeformate. · Für liest mit mehreren guten Alignments kann berichten: none; ein durch zufällige Auswahl; oder alle Ausrichtungen. · Auch eine Option, um alle Ausrichtungen zu melden bis zu einem Maximal PHRED Punktzahl P (R | Ai) · Posteriore Ausrichtung Wahrscheinlichkeit (Quality Score) und Filter. · Unterstützt senken Fall Maskierung des Genoms. · Unterstützt Lese unterschiedlichen Längen · Adapter Strippen für kleine RNA liest · Iterative lesen Trimmen · Integration mit MAQ mit 'novo2maq' · Full Needleman-Wunsch an beiden Enden. Beide Enden können Lücken aufweisen. · Akzeptiert eine strukturelle Veränderung Strafe und die beste Ausrichtung zwei unabhängige Ende sein kann, wenn Gesamtscore mit SV Strafe ist besser als das beste Paar, dass paßt die Fragment Längenverteilung. · Anfängliche Fragmentlänge Größe als Mittelwert und Standardabweichung eingegeben. Danach werden die Programm lernt aus tatsächlichen Fragmentlängen von hoher Qualität Paare, allmählich Fragment Längenverteilung und Strafen Einstellen realen Ausrichtungen übereinstimmen. · Diese Aligner ist nicht geeignet für die von 454 oder ABI Fest liest. Novobarcode (beta) - Novobarcode stuft liest nach "Barcode" Tags: · Klassifizierung nutzt Basisqualitätswerte. · Can classity PRB, FASTA oder fastq Format liest. · Kann einzelnes Ende oder gepaart Ende liest klassifizieren. Novo2maq - Ein Konvertierungsprogramm zum Umwandeln Novoalign Berichte in Maq Kartenformat: · Dieses Tool basiert auf Maq Quellcode und als Quelldateien zur Verfügung gestellt. Es ermöglicht die Verwendung von maq Dienstprogramme für die Zeit nach Ausrichtung Verarbeitung. · Novoindex - Novoindex baut einen k-mer Index eines Satzes von Referenzsequenzen, die dann das Ziel für die Alignment-Programme sind. · Die Referenzsequenz codiert wird 4 Bits pro Basis im Index. Die Indexstruktur behält, und redundant Indizes, bis zu zwei IUB mehrdeutigem Codes pro k-mer. Dies ist besonders nützlich in einigen pflanzlichen und mikrobiellen Genomen, die einen wesentlichen Anteil der mehrdeutigen NA-Codes haben. · Ein niedrigerer Fall Maskierung Option Grenzen k-mer Indizierung in Großbuchstaben NA-Codes. Alignments, insbesondere gepaart Ende in Kleinbuchstaben Bereiche erstrecken. · Wo Speichernutzung ist entscheidend für den Index k-mers ohne Auswirkungen auf Justageempfindlichkeit überspringen. Zum Beispiel ist es möglich, Index nur jeder fünfte 14-mer. Dies ermöglicht ein Index des menschlichen Genoms in 6Gbytes gebaut werden oder weniger RAM. (K = 14, s = 3) · Die Sensitivität und Spezifität der Ausrichtungsprogramme werden nicht durch den Index k-mer Länge betroffen. Was ist neu in dieser Version: · Verbesserte Genauigkeit von Qualitätsfaktoren für gepaartes Ende liest.

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