Paretis
Kostenloses Werkzeug für parallele Graphenpartitionierung und füllreduzierende Matrixbestellung ...
5 MB
 | MatrixgenKostenlose und Open Source Bioinformatics-Anwendung, die Ihnen dabei hilft, Scoring-Matrizen zu generieren |
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Matrixgen Ranking & Zusammenfassung
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- Lizenz:
- GPL
- Preis:
- FREE
- Name des Herausgebers:
- John J. Bowers
- Website des Verlags:
- Betriebssysteme:
- Mac OS X 10.5 or later
- Dateigröße:
- 11.1 MB
Matrixgen Stichworte
Matrixgen Beschreibung
Kostenlose und Open Source BioinFormatics-Anwendung, die Ihnen dabei hilft, Scoring-Matrizen zu generieren Matrixgen ist eine Bioinformatik-Anwendung, die verwendet wird, um Scoring-Matrizen aus der Analyse ausgerichteter Aminosäure- und DNA-Datensätze zu erzeugen. Diese Matrizen können dann von Clustal verwendet werden, um genauere Ausrichtungen zu erzeugen. Es gibt viele Algorithmen zur Bestimmung der Proteinähnlichkeit und zum Ausrichten von Proteinen. Es gibt auch viele Programme dafür. Matrixgen ist kein Ausrichtungsprogramm. Es interessiert jedoch mit Ausrichtungsprogrammen, um eine genauere Ausrichtung bereitzustellen Die Ausrichtung mit der höchsten Punktzahl wird dann die korrektste Ausrichtung beurteilt. Diese gewichteten Matrizen werden durch die einfache Analyse zuvor ausgerichteter Proteine erzeugt, um die Wahrscheinlichkeit der Mutation einer bestimmten Aminosäure in einem evolutionären Kontext zu bestimmen. Diese Matrizen werden am allgemeinsten als ein Protokoll der ODDS-Matrix dargestellt. Jedes Element einer LOD-Matrix ist der Logarithmus eines Verhältnisses von Wahrscheinlichkeiten. Insbesondere sind die in Betracht gezogenen Wahrscheinlichkeiten die beobachtete Wahrscheinlichkeit eines Paars von Aminosäuren über der erwarteten Wahrscheinlichkeit eines Paars von Aminosäuren.Matrixgen berechnet diese Wahrscheinlichkeiten wie von Henikoff und Henikoff beschrieben. Matrixgen blockiert nicht, wie es von diesem Papier beschrieben wird. Die Idee hinter Matrixgen besteht darin, eine Matrix speziell für das Protein zu erstellen, das Sie mit einem Datensatz sehr ähnlicher Proteine ausrichten. Matrixgen erzeugt auch Entfernungsmatrizen und gibt Ihnen andere nützliche Statistiken zu Ihrem Datensatz.
Matrixgen Zugehörige Software
