Phylosort Open Source-Lösung, mit der Sie phylogenetische Bäume sortieren können
Jetzt downloaden

Phylosort Ranking & Zusammenfassung

Phylosort Stichworte

visualisieren Filter Sortieren phylogenetische Sortierer Baum sortieren. phylogenetischer Filter

Phylosort Beschreibung

Open Source-Lösung, mit der Sie phylogenetische Bäume sortieren können Phylosort ist ein Java-Tool mit offener Quelle, mit dem Sie phylogenetische Bäume sortieren können, indem Sie nach benutzerdefinierten Teilbetten suchen, die eine von operative taxonomische Einheiten (OTUS) definierte monophyletische Gruppe enthalten, die durch operative taxonomische Einheiten (OTUS) .phylosort enthält : · Im exklusiven Modus besteht jede Taxa aus der Abfragegruppe (en) im Baum in der monophyletischen Katze, um diese Kulisse zu qualifizieren und den Baum als Matchbaum zu betrachten. · Im Inklusivmodus Die Einschränkung des exklusiven Modus ist so entspannt, dass eine "qualifizierende" monophyletische Klinge angenommen wird, unabhängig davon, ob es eine zusätzliche Taxa aus der Query-Taxa gibt, die sich von der Kulissen in der Tiere an einem anderen Ort in der Tiere befindet. Hier sind einige wichtige Merkmale von "Phylosort": · Die Suche nach monophyletischer Beziehung zwischen Gruppen von Taxa. · Filterung durch Bootstrap-Trägerwerte, die mit den monophyletischen Kreisen verbunden sind. · Filtern durch Tree-Komplexität (Anzahl der Taxa in einem Baum). · Filterung durch Familienkomplexität (Anzahl der Gene pro Taxon in einem Baum). · Clustering Bäume (Gene) in Baumhaufen (Genfamilien). · Gruppieren von OTUS mit einem Taxonomie-Referenzbaum. · Reinige und wiederverwendbare Implementierung gemeinsamer Verfahren zur Bearbeitung der Baumdatenstruktur wie Newick Parsing, Treer-Traversal und Wiederaufführung. · Visualisierung der Tree-Topologie mit einem Baumanzeige (ATV).

Phylosort Zugehörige Software