Lamms. Tragbarer atomarer / molekularer massiver, massiv paralleler Simulator
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Lamms. Ranking & Zusammenfassung

Lamms. Stichworte

simulieren Modell Modeller Atommodeller Partikelsimulator Molekularer Simulator

Lamms. Beschreibung

Tragbarer Groß Atomic / Molecular Massively Parallel Simulator LAMMPS ist eine klassische Moleküldynamik (MD) Code. Wie der Name schon sagt, speziell auch auf parallele Maschinen laufen, aber es läuft auch gut auf Einzelprozessor-Desktop machines.LAMMPS ist sehr tragbar. Es sollte mit einem C ++ Compiler auf jeder Plattform bauen. Das GNU g ++ Compiler oder kommerzielle Compiler funktionieren. LAMMPS wurde für mehr parallel und Desktop-Maschinen gebaut, dass Mac OS X, Unix oder Linux variants.LAMMPS laufen Potentiale für weiche Materialien (Biomoleküle, Polymere) besitzt und Festkörpermaterialien (Metalle, Halbleiter) und grobkörnige Systeme. Es kann an Modell Atomen oder, allgemeiner verwendet werden, als Parallelpartikelsimulator des Mesoscale oder Kontinuum levels.LAMMPS läuft auf Einzelprozessor-Maschinen oder parallel unter Verwendung von Message-Passing-Verfahren und eine räumlich-Zersetzung des Simulationsgebietes. Der Code ist so konzipiert, um einfach mit neuen Funktionen zu ändern oder zu erweitern. Hier sind einige der wichtigsten Features von LAMMPS: · Durchläufe auf einem einzelnen Prozessor oder in parallelen · Verteiltem Speicher Message-Passing-Parallelismus (MPI) · Raumzersetzung von Simulationsgebiet für Parallelität · Open-Source-Distribution · Hoch portable C ++ · Optionale Bibliotheken benötigt: MPI und Single-Prozessor-FFT · Parallel laufen ein oder mehrere Simulationen gleichzeitig · Einfach mit neuen Funktionen und Funktionalität zu erweitern · Atomen, Polymere, Moleküle, Metalle, Granulatteilchen, grobkörnige Partikel, Ellipsoide, Punkt-Dipole oder hybride Kombinationen davon · Paarweise Potentiale: Lennard-Jones, Buckingham, Morse, Yukawa, weich, Klasse 2 (COMPASS) tabellarisch · Geladene paarweise Potentiale: Coulomb-Punkt-Dipol · Manybody Potentialen: EAM, Finnis / Sinclair EAM, modifizierte EAM (MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AI-REBO · Grobkörniges Potentiale: körnig, DPD, GayBerne, kolloidales · Bindungs Potentialen: harmonische, FENE, Morse, nicht-linearen, Klasse 2, quartic (zerbrechlichen) · Winkel Potentialen: harmonische, CHARMM, Cosinus, Cosinus / quadriert, Klasse 2 (COMPASS) · Dieder Potentialen: harmonisch, CHARMM, multiharmonischen, helix, Klasse 2 (COMPASS), OPLS · Unangebrachte Potentiale: harmonisch, CVFF, Klasse 2 (COMPASS) · Hybrid Potentiale: multiple Paare, Bindung, Winkel, Dieder, unangebrachte Potentiale können in einer Simulation verwendet werden, · Überlagerte Potentiale: Überlagerung mehrerer Paarpotentiale · Polymerpotentiale: alle-Atome, vereinigtes-Atom, perlt Feder, zerbrechliche · Wasserpotentiale: TIP3P, TIP4P, SPC · Implizite Lösungspotentiale: hydrodynamischen Schmierung, Debye · Langreichweitige Coulombics und Dispersion: Ewald, PPPM (ähnlich partikelNetz Ewald), Ewald / N für langreichweitige Lennard-Jones · CHARMM-, AMBER, OPLS Kraftfeld Kompatibilität · 2D- oder 3D-Systeme · Orthogonal oder nicht orthogonal (triklinen Symmetrie) Simulations Domänen · Konstante NVE, NVT, NPT, NPH-Integratoren · Thermostatisier Optionen für Gruppen und geometrischen Regionen der Atome · Druckregelung über Nase / Hoover barostatting in 1 bis 3 Dimensionen · Simulationsbox Verformung (Zug- und Scher) · Harmonischen (umbrella) Zwangskräfte · Unabhängige oder gekoppelte Starrkörperintegrations · ERSCHÜTTERUNG Bindung und Winkeleinschränkungen · Wände verschiedener Arten · Gezielte Moleküldynamik (TMD) Constraints · Nicht-Gleichgewichts-Molekulardynamik (NEMD) · Vielzahl von zusätzlichen Randbedingungen und Einschränkungen · Geschwindigkeit-Verlet-Integrator · Brownsche Dynamik · Energieminimierung über Konjugat-Gradienten Entspannung · RRESPA hierarchische Zeitschritt · Parallel Temperiereinrichtung (Replika exchange) · Laufen mehrere unabhängige Simulationen gleichzeitig · Protokolldatei von thermodynanmic info · Text-Dump-Dateien von Atom Koordinaten, Geschwindigkeiten, andere pro-Atom Mengen · Binäre Dateien Neustart · Pro-Atom Mengen (Energie, Stress, Centro-Symmetrieparameter, usw.) · Benutzerdefinierte systemweit (Log-Datei) oder pro-Atom (Dump-Datei) Rechnungen · Räumliche und zeitliche Mittelung von pro-Atom Mengen · Zeitmittelung von systemweiten Mengen · Atom Schnappschüsse in nativen, XYZ, XTC, DCD-Formate Was ist neu in dieser Version: · Neue Version von LAMMPS (C ++ Version). 138.720 Codezeilen in src dir mit allen Paketen enthalten (aber keine Bibliothek Quelldateien). · Wichtig: Die Syntax der folgenden Befehle hat sich geändert: pair_style gran / Hooke, pair_style gran / hooke / Geschichte, pair_style gran / Hertz / Geschichte und special_bonds. Das Schlüsselwort tag im Dump benutzerdefinierten Befehl zu id geändert. Die Vorgabe für die Angabe Schichtdicken im fix ave / räumlichen Befehl von Kasteneinheiten an Gittereinheiten geändert.

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