Simbio Simbio ist ein Java-Paket, um biologische Modelle für Biologe und andere zu erstellen.
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Simbio Ranking & Zusammenfassung

Simbio Stichworte

Java-Anwendung Zelle Modellieren Biologisches Modell Herzzelle Herz

Simbio Beschreibung

Simbio ist ein Java-Paket, um biologische Modelle für Biologe und andere zu erstellen. Simbio ist ein Java-Paket, um biologische Modelle für Biologe und andere zu erstellen. Herzzellenmodelle sind verfügbar.Simio ist ein Simulator für biologische Systeme wie Herzzellen, Epithelzellen und Pankreas--Zellen. Simbio ist in Java geschrieben, verwendet XML und kann gewöhnliche Differentialgleichungen lösen. In das Feld der medizinischen Biologie wurden umfangreiche Forschungsergebnisse in Bezug auf molekulare und zelluläre Funktionen angesammelt, aber die Mechanismen dieser komplexen Zellfunktionen können jedoch nicht quantitativ erläutert werden. Aufgrund dieser Tatsache ist ein quantitatives dynamisches Modell, das experimentelle Daten integrieren kann, um biologische Mechanismen auf Computer zu reproduzieren, wichtig. Wir haben Simbio entwickelt, um ein Werkzeug für eine einfache Erstellung von Zellmodellen mit objektorientierten Prinzipien zu haben. In Simbio sind mathematische Modelle wie ein Myozyten-Modell, das unter Verwendung von normalen Differentialgleichungen beschrieben werden, in Funktionselemente wie Ionenkanäle und Variablen wie Ionenkonzentrationen aufgeteilt. Auf diese neue Art der Entwicklung von Zellmodellen sind Funktionselemente gleichermaßen unabhängig und können nach biologischen Klassifizierungen gruppiert werden. Darüber hinaus können die Korrelationen von Variablen und Funktionselementen als Graphen beschrieben werden. Das Ziel ist ein Werkzeug, mit dem verschiedene zelluläre Funktionen und Mechanismen, die auf den experimentellen Ergebnissen basieren, leicht zu einer komplexeren Zellstruktur oder sogar einer ganzen Zelle kombiniert werden können, die zum Erkundung neuer Hypothesen geeignet ist. Simbio ist ein Werkzeug, um es einfacher zu machen Zellorganism-Modelle sowie zur Förderung der Freigabe / Wiederverwendung von Modellen. Es bietet die erforderlichen Funktionen, um Modelle zu erstellen, die normale Differentialgleichungen und mathematische Modelle verwenden, integrierter Berechnung, Display-Ergebnisdiagramme, ergeben, Ergebnisse auf Dateien extrahieren, Parameter ändern und Berechnungen durchführen. Die Struktur von SIMBIO ist in 3 Hauptelemente unterteilt. Der erste beschreibt Berechnungen mathematischer Modelle mit Java. Der zweite beschreibt die Anfangswerte von Parametern und die Struktur mathematischer Modelle mit XML-Dateien. Der dritte löst anfängliche Wertprobleme der gewöhnlichen Differentialgleichungen mit einem Integrationsmotor. Anforderungen: · JDK 1.4 oder höher · Log4j. · Xalan Version 2.7.0

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