| Transposonpsi. Transpoonpsi ist ein Analysewerkzeug, um Protein- oder Nukleinsäuresequenz-Homologie zu identifizieren. |
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Transposonpsi. Ranking & Zusammenfassung
- Name des Herausgebers:
- Brian Haas
Transposonpsi. Stichworte
Transposonpsi. Beschreibung
Transpoonpsi ist ein Analysewerkzeug, um Protein- oder Nukleinsäure-Sequenz-Homologie zu identifizieren. Transposonpsi ist ein Analysewerkzeug, um Protein- oder Nukleinsäuresequenz-Homologie zu identifizieren, um von diversen Familien von transponierbaren Elementen codierten Proteinen zu identifizieren. PSI-BLAST wird mit einer Sammlung von (Retro-) Transpoon-ORF-Homologieprofilen verwendet, um statistisch signifikante Ausrichtungen zu identifizieren. Dieses Verfahren kann verwendet werden, um potenzielle Transposon-ORFs innerhalb eines Proteinsatzes zu identifizieren, oder um Regionen der Transposon-Homologie innerhalb einer größeren Genomsequenz zu identifizieren . Dies ist besonders nützlich, um degenerierte Transposon-Homologien in Genomsequenzen zu identifizieren, die mithilfe von Wiederholungsmaskern und einer zugehörigen Nukleotidbibliothek von wiederholenden Elementen entgehen einschließlich Protozoen, Pflanzen, Pilze und Tiere. Anforderungen: · NCBI-Blast, einschließlich Blastall und Blastpgp · BIOPERL.
Transposonpsi. Zugehörige Software