Mygene Python-Client für mygene.info-Dienste
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Klient Python-Bibliothek Python

Mygene Beschreibung

Mygene.info bietet einfach zu verwendende REST-Webdienste zur Abfrage / Ruf von Gen-Anmerkungsdaten. Es ist mit Einfachheit und Leistung betont. MyGene ist ein benutzerfreundlicher Python-Wrapper, um auf MyGene.info-Dienste zuzugreifen PIP INSTALLIERE -E HG + HTTPS: //bitbucket.org/newgene/mygene#egg=mygeneuStein : Import mygeneein : mg = mygene.mygeneinfo () in : mg.getgene (1017) : {'_id': '1017', 'Name': 'Cycin-abhängige Kinase 2', 'Symbol': 'cdk2'} in : mg.getGene (1017, 'Name, Symbol, RefSeq ') Aus : {' _ id ':' 1017 ',' Name ':' Cycin-abhängige Kinase 2 ',' RefSeq ': {' Genomic ': , 'Protein': , 'rna': },' Symbol ':' cdk2 '} in : mg.getgene (1017,' Name, Symbol, RefSeq.rna ') aus : {' _ id ':' 1017 ',' Name ':' Cyclin-abhängige Kinase 2 ',' RefSeq ': {' rna ': },' Symbol ':' CDK2 '} in : mg. GETGENES () OUT : In : mg.query ('cdk2', limit = 5) aus : {'etag': '1358E787924DDB', 'Limit': 5, 'Zeilen': ,' überspringen ': 0,' total_rows ': 29} In : MG.Query ('Reporter: 1000_at') aus : {'ETAG': '13574EEE908E81', 'Limit': 25, 'Zeilen': , , , , , , 'ID': 55682}, 'ID': ' 5595 ',' Name ':' Mitogen aktiviert Protein Kinase 3 ',' Score ': 8.231849670410156,' Symbol ':' Mapk3 ',' Taxid ': 9606}],' überspringen ': 0,' total_rows ': 1} In : mg.query ('symbol: cdk2 und art: menschlich') aus : {'etag': '1358e787924ddb', 'limit': 25, 'Zeilen': , , , , , , 'ID': 74409}, 'ID': '1017', 'Name': 'Cycin-abhängige Kinase 2', 'Score': 71.34159851074219, 'Symbol': 'cdk2', 'taxid': 9606}], 'überspringen': 0, 'total_rows': 1} in : mg.findgenes ( , Scope = 'entrezgen', spezies = 'human') Abfragen von 1-2 ... fertig.out : In : mg.findgene (, Scope =' entrezgen ', spezies = 9606) Abfragen 1-2 ... fertig. )] In : mg.findgenes (, scope = 'entrezgen', spezies = 'human') Abfragen 1-3 ... fertig.1 Eingabe-IDs gefunden Kein Hit : out : in : mg.findgenes (, Scope =' entrezgen ', spezies =' human ', roh = true) Abfragen von 1-3 ... fertig.out : , , , , , , 'ID': 74409}, 'ID': '1017', 'Schlüssel ': ,' Name ':' Cycin-abhängige Kinase 2 ',' Symbol ':' Cdk2 ',' Taxid ': 9606}, {' homologi ': {' Gene ': , , , , 'ID': 30953}, 'ID': '695', 'Schlüssel': ,' Name ':' bruton agammaglobulinemie Tyrosinkinase ',' Symbol ':' btk ',' taxid ': 9606}] Homepage des Produkts

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