Murka

-Software zum Arbeiten mit mittleren Netzwerken und Steinerbäumen aus Ausrichtungen biologischer Sequenzen.
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Murka Ranking & Zusammenfassung

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  • Rating:
  • Lizenz:
  • LGPL
  • Preis:
  • FREE
  • Name des Herausgebers:
  • Valery Zaporozhchenko
  • Website des Verlags:

Murka Stichworte


Murka Beschreibung

Software zur Arbeit mit mittleren Netzwerken und Steiner-Bäumen aus Ausrichtungen biologischer Sequenzen. Murka ist eine kostenlose Software zum Übertragen von parsimonistischen Phylogenies (d. H. Bäume von Mindestkosten) aus den Ausrichten biologischer Sequenzen. Die Theorie hinter dieser Software ist eine Kombination von zwei algorithmischen Ansätzen: Bauen von mittleren Netzwerken (in frühen 80er Jahren in Algebra eingeführt und erschien später in Phylogenetik sehr nützlich) und Extrahieren von Steinerbäumen aus Graphen. Der Vorteil dieser Kombination ist eine nahezu vollständige Abdeckung der minimalen Kostenbäume aus einer Quellenausrichtung und tolerieren Sie die Leistung für viele Fälle, die kaum durch klassische Methoden vollständig gelöst werden können, insbesondere derjenigen, die mit Topologien arbeiten. Neben genauen Algorithmen sind auch heuristische Methoden verfügbar. Murka ist nicht das erste Programm in diesem Bereich. Es gibt mindestens zwei öffentlich verfügbare und kostenlose Softwarepakete, die mit medianischen Netzwerken arbeiten. Es ist Fluxus Engineering-Netzwerk und AWC-Spectronet. Murka scheint das erste OpenSource-Programm zu sein, das keine Urheberrechtsbeschränkungen kam, und unter LGPL verteilt. Murka umfasst einen Steiner-Problemlöser der schwachen Leistung, es kann jedoch in der Lage sein, die meisten der mittelgroßen (von 2K-3K-Kanten) Steinlib-Benchmarks in angemessener Zeit zu lösen. Die Formate der Ein- und Ausgabedatei sind mit denen, die vom Fluxus-Netzwerk verwendet werden, kompatibel. Der Steiner-Solver arbeitet mit STP-Dateien zusammen. Zur Visualisierung resultierender Netzwerke haben wir das .dot-Format von Graphviz-Software ausgewählt. Murka ist eine Befehlszeilensoftware, die unter Linux- und Windows-Plattformen getestet wird. Derzeit werden zwei Gardware-Plattformen unterstützt: X86 (IS-32) und IA-64 (Itanium2).


Murka Zugehörige Software

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