mpiblast. MPIBLAST ist eine MPI-basierte parallele Implementierung von NCBI-Blast.
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mpiblast. Beschreibung

MPIBLAST ist eine MPI-basierte parallele Implementierung von NCBI-Blast. MPIBLAST ist eine MPI-basierte parallele Implementierung von NCBI-Blast. Das Projekt besteht aus einem Paar von Programmen, die FormatDB und BLASTALL ersetzen, mit den Versionen, die Blast-Jobs parallel ausführen, parallel auf einem Cluster von Computern mit MPI installiert. Es gibt zwei Hauptvorteile für die Verwendung von MPIBLAST VERSUS TYCAL BLAST.FIRST, MPIBLAST spaltet die Datenbank in jedem Knoten in dem Cluster auf. Da der Segment jedes Knotens der Datenbank kleiner ist, kann es sich in der Regel im Puffer-Cache befinden, wodurch eine signifikante Beschleunigung aufgrund der Beseitigung der Platten-E / A ergibt. Zweitens erlaubt es, dass Blast-Benutzer effiziente, kostengünstige Beowulf-Cluster nutzen, da Interprozessor-Kommunikationsanforderungen niedrig sind. . Es ist kein dedizierter Cluster erforderlich. Zwei kostenlose Implementierungen sind: · MPich - http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/ · · lam / mpi - http://www.lam-mpi.org · In ihren häufigsten Konfigurationen erfordert MPIBLAST auch dass die Computer ein gemeinsames Speicherverzeichnis haben. Dies kann ein NFS-Mount, Samba-Teilen, AFS oder eine andere Art von gemeinsam genutzten Netzwerkdateisystem sein. Der Speicherort des freigegebenen Verzeichnisses muss in der Konfigurationsdatei ~ / .NCBIRC angegeben werden. · Um MPIBLAST aus der Quelle zu erstellen, müssen Sie auch eine passende Version der NCBI-Toolbox kompilieren, die bei ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/Limitations: auf maximal 250 Datenbankfragmente erstellt werden können Bei den meisten Systemen von MPIFIFIMEATDB können winzige Unterschiede im E-Wert zwischen NCBI-BLAST und MPIBLAST aufgrund der numerischen Instabilität in der Ergebnisverarbeitung existieren. Die meisten Ergebnisse sind nicht betroffen

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