Copasi ein Werkzeug zur Simulation und Modellierung biochemischer Netzwerke.
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Copasi Ranking & Zusammenfassung

Copasi Stichworte

Simulation Netzwerke biochemisch Biochemische Netzwerke Modellierung. kinetische Gleichungen.

Copasi Beschreibung

Ein Werkzeug zur Simulation und Modellierung von biochemischen Netzwerken. Copasi ist ein Werkzeug zur Simulation und Modellierung biochemischer Netzwerke. Das Softwarepaket verfügt über eine GUI, mit der Benutzer biochemische Netzwerkmodelle definieren können, indem sie chemische Reaktionen und kinetische Gleichungen eingeben. Eine leistungsstarke Simulationsmaschine kann dann Simulationen der Dynamik der Netzwerke durchführen und viele verschiedene Rechenanalysen durchführen. Copasi kann die Dynamik unter Verwendung eines ODE-Ansatzes oder eines stochastischen chemischen Kinetics-Ansatzes (Gillespie-Algorithmen) simulieren. Hier sind einige wichtige Funktionen von "copasi": Modell: · Chemisches Reaktionsnetzwerk. · Beliebige kinetische Funktionen. · ODES für Kompartimente, Arten und globale Mengen. · Zuweisungen für Fächer, Arten und globale Mengen. · Erstausweise für Fächer, Arten und globale Mengen. Analyse: · Stochastische und deterministische Zeitkurssimulation · Steady State-Analyse (einschließlich Stabilität). · Metabolische Steuerungsanalyse / Sensitivitätsanalyse. · Elementar- Modusanalyse. · Massenerhaltungsanalyse. · Berechnung von Lyapunov-Exponenten. · Parameter Scans. · Optimierung beliebiger objektiver Funktionen. · Parameterschätzung mit Daten aus Zeitkurs- und / oder stationären Experimenten gleichzeitig. · Grafische Benutzeroberfläche (copasiui) · Slider für interaktive Parameteränderungen. · Grundstücke und Histogramme. · Befehlszeile (Copasive) zur Batch-Verarbeitung. · SBML-Import (L1V1 + 2, L2V1-3) und Export (L1V2, L2V1-3). · Laden von GEPASI-Dateien. · Exportieren in Berkeley Madonna, XPPAUT und C-Quellcode des aus dem Modell erzeugten ODE-Systems. · Versionen für MS Windows, Linux, Mac OS X und Solaris SPARC. Was ist neu in dieser Version: · Neue Eigenschaften · In dieser Version gibt es keine neuen Funktionen. Dies ist eine Fehlerbehebung für Copasi 4.3 (Build 25). · Fehlerbehebung · Grafische Benutzeroberfläche (copasiui) · Der anfängliche Ausdruck abhängig von den festen numerischen Werten wird jetzt ordnungsgemäß aktualisiert. · Problem behoben, das zu einem Absturz führen kann, wenn er die Massenerhaltungsaufgabe ausführt. · Fester Absturz im Dialog zur Festlegung der experimentellen Daten der Parameterschätzung, die in seltenen Fällen aufgetreten ist. · Problem behoben, bei dem Schnitt und Einfügen von mathematischen Ausdrücken für ODES-Zuweisungen und anfängliche Aufträge, nachdem er die Daten begangen hat, zu störenden Ergebnissen führen können. · Simulationsmotor. · Möglicher Absturz in der MCA-Berechnung behoben, die auftreten kann, wenn das Modell Arten von Typ ODE oder AUFTION enthält. · SBML. · Mehrere Verwendung derselben SID in SBML-Exporte behoben. Dieses Problem trat nur auf, wenn das Modell zuvor von SBML importiert wurde. · Die ständige Flagge ist nun richtig eingestellt, wenn eine Spezies von konstant geändert wird, um durch Reaktionen in Copasi zu ermitteln. Dieses Problem trat nur auf, wenn das Modell zuvor von SBML importiert wurde. Was ist neu in dieser Version: · Fehlerbehebung.

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