Dawgpaws Eine Suite von Befehlszeilenprogrammen, die in Perl geschrieben wurden, die die Annotation von Genen und umsetzbaren Elementen in Pflanzengenomen beschleunigen
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Dawgpaws Ranking & Zusammenfassung

Dawgpaws Stichworte

Anmerkung Gen Gen Annotation Umfassbare Elemente Pflanzenpflanze transponierbar

Dawgpaws Beschreibung

Eine Reihe von Befehlszeilenprogrammen, die in Perl geschrieben wurden, die Annotation von Genen und transponierbaren Elementen in Pflanzengenomen beschleunigt Die Skripts in der Dawgpaws-Suite sind so konzipiert, dass die Erzeugung von Rechenergebnissen der hohen Durchsatzergebnisse für beide Genedawgpaws erleichtert, ist eine Reihe von Skripts, die in Perl geschrieben wurden, die dabei, eine verteilte Annotations-Arbeitsgruppe (Dawg) in der Sequenzanmerkung von BAC-Konstigs zu unterstützen. Da diese Suite der Software anfangs geschrieben wurde, um zufällig abgetastete Weizen-BACs annotieren zu können, wird er als Pipeline bezeichnet, um Weizen SEQUNCES (PAWs) anzurichten. Obwohl diese Programme anfänglich für Weizen konzipiert wurden, können die Skripts auf nahezu jede eukaryotische Sequenz-Annation-Pipeline angewendet werden. Die Skripts in der DAWGPAWS-Suite sind so gestaltet, dass sie eine hohe Durchsatzerzeugung von Computationsergebnissen für die Gene-Annotation und die umlaufbare Elementanmerkung unter Verwendung einer Anzahl von vorhandene Sequenz-Anotationsprogramme. Diese Ergebnisse werden von der nativen Ausgabe der einzelnen Annotationsprogramme in das Standard-GFF-Dateiformat umgewandelt. Da eine GFF-Datei eine einfache Registerkarte delmherited-Textdatei ist, können mehrere Rechenergebnisse für eine einzelne Sequenz leicht mit Standard-Text-Maninpulation-Werkzeugen wie Katze verkettet werden. Beweis, dass Katzen und Dawgs gut zusammen spielen können. DawgPaws bietet zusätzliche Werkzeuge zur Erleichterung des Apollo Genom-Annotation-Kurationstools zur Visualisierung und Verlangsamung der Rechenergebnisse.Suage von DawgPaws erfolgt über eine Reihe von Befehlszeilenprogrammen. Eine Befehlszeilenschnittstelle wurde ausgewählt, da diese Programme in der Regel auf hohen Prefating-Computern aus der Ferne ausgeführt werden, die einige Version des UNIX / Linux-Betriebssystems ausführen. Da eine Befehlszeile inteface für alle Programme verfasst ist, ist keine spezielle Perlkenntnisse über Perl erforderlich, um diese Suite zu nutzen. Da jedoch einige der Perl-Skripts auf externe Perl-Module angewiesen sind, ist ein funktionierendes Wissen über Perl bei der Installation von Dawgpaws hilfreich. Wie das DAWGPAWSA-Manuskript wurde eingereicht, der das DAWGPAWS-Programm beschreibt. Bis zu diesem Manuskript veröffentlicht, beziehen Sie sich auf die Website der DawgPaws SourceForge-Website, wenn Sie Ihre Nutzung dieses Programms in der Verwendung dieses Programms anzeigen.jc Estill und JL BENNETZEN beschreiben. 2009. Die Dawgpaws-Pipeline für die Annotation von Genen und transponierbaren Elementen in Pflanzengenomen. Annotation-ProgrammeDawgPaws enthält Skripts, um mit rechenbezogenen Abwesenheiten aus den folgenden Standalone-Programmen und Websites zu arbeiten. Sie können Informationen für folgende Programme erhalten, indem Sie auf den Namen des Annotation-Programms klicken, und Sie erhalten die Dokumentation für das DAWGPAWS-Skript, indem Sie auf den Skriptnamen klicken. Für umfassende Informationen zur Installation und Verwendung dieser Programme finden Sie im DAWGPAWS-Handbuch. Diese Anmerkungs-Programme sind nicht im DAWGPAWS-Programm enthalten und müssen separat installiert werden. Hier sind einige wichtige Funktionen von "Dawgpaws": · FASTA-Dateimanipulation, um Sequenzen für die Annotationspipeline vorzubereiten · Annotation von Lücken in den Sequenzanordnungen · Ausführen von AB Initio-Gen-Anotations- und transponierbaren Annotationsprogrammen in einer Hochdurchsatz-Pipeline · Blast-Pipeline für den Einsatz in einem Cluster-Computing-Framework · Umwandlung der Ausgabe von der Anmerkungssoftware in das gemeinsame GFF-Dateiformat · Umwandlung von GFF-Dateien in das spiel.xml-Format Hilfe ist in allen Befehlszeilenprogrammen mit Command Line-Flags verfügbar. Hilfe Info und vollständige manuelle Dateien sind noch für einige Programme in der Entwicklung. Zugriff auf Hilfe, bei der Progname der Name des einzelnen Programms ist: · Progneame-Moduage. · Erstellen Sie eine grundlegende Nutzungsnachricht mit Informationen zu den erforderlichen Argumenten · Progname --help. · Erzeugen Sie eine umfangreichere Hilfemeldung, die erforderliche Argumente und alle Optionen enthält · Progname --man. · Sehen Sie sich das vollständige Handbuch für das Programm an · Manuelle Seiten für die einzelnen Programme sind auf der DAWGPAWS-Website verfügbar und enthalten im Release-1.0-Download der DAWGPAWS-Suite. Anforderungen: · Perl.

Dawgpaws Zugehörige Software