Wh. ein Computerprogramm, das die Anpassung eines Speziationsmodells durchführt
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Wh. Ranking & Zusammenfassung

Wh. Stichworte

Dell Computermodell. Reihenfolge normale Passform DNA-Sequenz passend zu DNA-Analyse. Dna. stochastische Passform parapatrische Speziation Isolationsmodell Isolation Datenanschluss Oberfläche

Wh. Beschreibung

WH wurde entwickelt, um ein Computerprogramm zu sein, das die Anpassung eines Spezialmodells durchführt, und führt Tests der Qualität der Anpassung dieses Modells durch. Das Speziationsmodell wird als Isolationsmodell bezeichnet und ist ohne einen Genfluss. Mit vergleichenden DNA-Sequenzdaten von jedem von zwei eng verwandten Arten ermöglicht das Verfahren eine Schätzung der Zeit seit der Speziation und der Größe der Ahnenarten. Das Isolationsmodell setzt Folgendes voraus: - Zwei Arten oder Populationen, aus denen die Daten abgetastet wurden, entstanden aus einer einzigen Ahnenarten oder Bevölkerung, einige Zeit, T-Generationen in der Vergangenheit. - Die gemeinsamen Ahnenarten oder Bevölkerung war von konstanter effektiver Größe NA. - Die beiden Nachkommee (Populationen) weisen konstante effektive Größen N1 bzw. N2 auf. - Abgesehen von dem Moment der Bevölkerungsunterbrechung zum Zeitpunkt t sind die Bevölkerungsgrößen konstant. - Da die Populationseparatur zwischen den Arten (Populationen) einen Null-Genfluss gibt. - Alle Mutationen sind neutral. Die Programmdatei sollte sich entweder im selben Ordner befinden wie die Datendatei oder in einem Ordner, der automatisch vom Betriebssystem durchsucht wird. Das Programm kann mit den Befehlszeilenparametern ausgeführt werden, oder indem Sie einfach den Namen des Programms eingeben ('Wh'). Wenn keine Befehlszeilenparameter verwendet werden, fragt das Programm nach den Werten der Laufzeitparameter. Der Benutzer startet das Programm einfach, indem Sie einfach in den Ordner gehen, in dem die Datendatei existiert und den Namen des Programms eingeben (z. B. Sites '), gefolgt von der Eingabetaste. Das Programm fragt mehrere Fragen zur Datendatei und der gewünschten Analyse. Fast alle Befehle und Optionen können auch mit den Befehlszeilenparametern eingegeben werden. Das Programm kann mit oder ohne Anweisungen an der Befehlszeile gestartet werden. Ohne Befehlszeilenanweisungen - Geben Sie einfach 'Wh' an der Eingabeaufforderung ein. Das Programm fragt nach grundlegenden Informationen. Klicken Sie auf einem PowerPC ein Klicken auf das Programmsymbol ein kleines Fenster, in dem Befehlszeilenparameter eingegeben werden können. Der Benutzer kann an diesem Punkt auch nur zurückkehren, und das Programm fordert Laufzeitparameter an. Befehlszeilenparameter: Typ und ENTER Wh -d'DataFilename '-r'resultsFileName' -n'Numssims '-l'ldtype' -a'ranseed ' Wo: 'datafilename' ist der Name einer Datendatei, die sich im selben Ordner wie das Programm befindet "ErgebnisseFileName" ist der Name der Datei, die erstellt wird, um die Ergebnisse enthalten. Die Ergebnisdatei wird mit einer Erweiterung von '.wh' erstellt 'numsims' ist eine ganze Zahl der Anzahl der zu laufenden Simulationen. Grundlegende Modellmontage erfordert keine Simulationen. Wenn dieser Wert nicht Null oder Rohling ist, muss die Datendatei über die erforderlichen Informationen zu Rekombinationsraten verfügen. 'ldtype' übermittelt dem Programm, welche Art von Verbindungsflüssigkeits-Ungleichgewichtswert berechnet wird. Diese Option erfordert, dass Simulationen erfolgen, und dass die Datendatei Informationen zu Rekombination und beobachteten LD-Werten enthält. 'ldtype' muss dem Maßstab des Verknüpfungs-Ungleichgewichts entsprechen, das zur Erzeugung des Datenfiles verwendet wird. 'ldtype' kann die folgenden Werte annehmen: 'R' ruft den Korrelationskoeffizienten auf 'S' ruft R ^ 2 auf, dem Quadrat des Korrelationskoeffizienten 'D' ruft das grundlegende gametische Ungleichgewichtsmaß d auf 'P' ruft das D / d / dmax auf, in dem dmax der maximal mögliche Wert von d je den beobachteten Allelfrequenzen ist. 'B' ruft den absoluten Wert von d, | d | 'Ranseed' ist eine Zufallszahl-Samen und ist im Allgemeinen nicht erforderlich, es sei denn, der Benutzer möchte Simulationen genau wiederholen.

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