WPDB-Datenbanklader Analysieren Sie 3D-Struktur von biologischen Makromolekülen schnell und einfach.
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WPDB-Datenbanklader Ranking & Zusammenfassung

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WPDB-Datenbanklader Beschreibung

Der WPDB-Datenbanklader ist ein praktisches, einfach zu bedienendes Werkzeug, das speziell entwickelt wurde, der Sie dabei unterstützt, die dreidimensionale Struktur von biologischen Makromolekülen, wie in der Proteindatenbank (PDB), unter Verwendung von Abfrage- und Anzeigewerkzeugen wie den oben genannten, zu hämmern. Haupteigenschaften: wissenschaftlich: Finden Sie Strukturen basierend auf Text- und Sequenzensuche (Nichtüberwachungen erlaubt). Sequenzausrichtung einer Registersequenz gegen mehrere Zielsequenzen nach der Methode von Needleman und Wunsch (JMB 48 (3): 443-453, 1970). Strukturüberlagerung unter Verwendung von Calpha-Positionen gemäß der Methode von Hendrickson (Acta Crysta35: 158-163, 1979. Sekundärstrukturzuweisungen gemäß der Methode von Kabsch und Sander. Aminosäure-Eigenschaftsprofilanalyse, sowohl statisch als auch dynamisch: Statisch gemäß den von Bogardt et al.; Dynamische, mittlere Exposition nach Lee und Richards (JMB 55: 379-400, 1971) und experimentelle B-Faktorenprofiles für eine einzelne Polypeptidkette oder Differenzprofile für zwei ausgerichtete Polypeptidketten können untersucht werden. Kontaktieren der Kartenanalyse mit unterschiedlichen Abschaltentfernungen und mit unterschiedlichen Atomgruppen in Kontaktdurchschnittstrukturen oder überlagerten Strukturen (Differenzkontaktkarten) können untersucht werden. Typisches 3-D-Anzeigen und Rendering, einschließlich Optionen, um Unterkonstruktionen, CPK-Darstellung, Stereo- und einfache Oberflächen (farbig auf der Basis von Entfernung vom Benutzer) anzuzeigen oder hervorzuheben. Geometrieberechnung (Bindungslängen, Bindungswinkel, dialedrale Winkel, enge nicht gebundene Kontakte) einschließlich grafischer Darstellung und Abweichungen von kleinen Molekülenabständen. Computing: Datenkomprimierung - etwa eine 20-fache Verringerung der Speicherung über die PDB-ASCII-Dateiverteilung, jedoch mit: (i) bibliographischen Informationen, die auf Autor- und JRNL-Datensätze beschränkt sind; (ii) optional das erste oder alle Mitglieder eines Ensembles von NMR- oder Modellstrukturen enthalten; (iii) nur die erste alternative Konformation, wie in der PDB-Datei definiert, für Teile einer Kristallstruktur mit teilweisen Unterkünften; (iv) atomare Koordinaten abgerundet auf 2 und nicht 3 Dezimalstellen; (v) Keine PDB-Bemerkungssätze. interoperable Anzeigeobjekte - Wenn ein Feature in einem Anzeigeobjekt (E.GA-Kontaktkarte) ausgewählt ist, werden auch alle anderen sichtbaren Anzeigeobjekte (E.g3-D-Viewer) und diejenigen, die anschließend aufgerufen wurden, auch aktualisiert, um diese Funktion zu veranschaulichen . Direkter Zugriff auf Raswin das beliebte molekulare Anzeigeprogramm. synchronisierte gedruckte Dokumentation und kontextabhängige Hilfe, die mit dem DoctoHelp-Paket erstellt wurde.

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