Treesnatcher plus.

ein phylogenetisches Baum-Erfassungswerkzeug
Jetzt downloaden

Treesnatcher plus. Ranking & Zusammenfassung

Anzeige

  • Rating:
  • Lizenz:
  • GPL
  • Name des Herausgebers:
  • Arndt von Haeseler
  • Betriebssysteme:
  • Windows All
  • Dateigröße:
  • 2.2 MB

Treesnatcher plus. Stichworte


Treesnatcher plus. Beschreibung

TreeNatcher Plus wurde entwickelt, um eine grafische Java-Anwendung zu sein, die die Erzeugung einer maschinenablesbaren Darstellung von in Pixelbildern enthaltenen Multifurcating-phylogenetischen Bäumen automatisiert. Es verwendet Bildverarbeitungsmethoden, um das Bild herzustellen und die Baumstruktur zu erkennen. Der Benutzer überwacht den semi-automatischen Erkennungsverfahren und macht Korrekturen des Bildes und auf die Topologie gegebenenfalls. Am Ende erzeugt das Programm einen Newick Tree-Code, der die Baumstruktur optional darstellt, einschließlich Verzweigungslängen. Treesnatcher Plus ist eine erweiterte und wieder konzeptualisierte Version von TreeNatcher. Es ist gut ausgestattet, um die Erforschung komplexer Phylogenies zu unterstützen, und wird hilfreich sein, wenn man Phylogenies basierend auf einer Sammlung bereits veröffentlichten Bäumen kombinieren möchte, die nicht elektronisch verfügbar sind. Darüber hinaus eignet sich TreeNatcher Plus auch für pädagogische Zwecke, da der Benutzer seinen eigenen Bäumen aufbauen und vorhandene Topologien modifizieren kann. Die Figuren von phylogenetischen Bäumen werden in den Veröffentlichungen häufig verwendet, um das Ergebnis einer evolutionären Analyse zu veranschaulichen. Da man jedoch nicht mühelos eine maschinenlesbare Darstellung extrahieren kann, d. H. Ein neuer Expression der Phylogene von solchen Bildern, eignen sich nicht für die anschließende Reanalyse oder die einfache Zusammenstellung von Baumtopologien. Daher ist eine computerlesbare Darstellung eines veröffentlichten Baums entweder vollständig von Hand oder mit speziellen Anwendungen gebaut zu werden. Hier kann TreeNatcher Plus wertvoll sein. Es identifiziert die Topologie eines Baums (z. B. einer Figur aus einer Publikation) mit Benutzerinteraktion. Die Anwendung verfügt über eine anspruchsvolle grafische Benutzeroberfläche, die auf der Java Swing-API basiert. Die neue Version, TreeNatcher Plus, wurde von Grund auf Rakel entwickelt und bietet eine stabile grafische Benutzeroberfläche, verwendet verbesserte Methoden zur Bildverarbeitung und zur Analyse der Tree-Topologie. Insbesondere ist es nicht mehr notwendig, ein Bild vorzubereiten, bevor Sie es in TreeNatcher Plus füttern. Die neue Anwendung bietet alle erforderlichen Image-Vorverarbeitungswerkzeuge.


Treesnatcher plus. Zugehörige Software

SSA

ein Programm zum Inferrieren der maximalen Wahrscheinlichkeit von Phyogenien aus DNA-Sequenzen ...

483 368 KB

Herunterladen