SEQ-Gen. simuliert die Entwicklung von Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen
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SEQ-Gen. Ranking & Zusammenfassung

SEQ-Gen. Stichworte

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SEQ-Gen. Beschreibung

SEQ-Gen wurde entwickelt, um ein Programm zu sein, das die Entwicklung von Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen entlang einer Phylogene mit gemeinsamen Modellen des Substitutionsvorgangs simuliert. Eine Reihe von Modellen der molekularen Evolution ist implementiert, einschließlich des allgemeinen reversiblen Modells. Zustandsfrequenzen und andere Parameter des Modells können gegeben und die ortsspezifische Rate-Heterogenität auch auf verschiedene Weise eingebaut werden. Eine beliebige Anzahl von Bäumen kann eingelesen werden und das Programm erzeugt für jeden Baum eine beliebige Anzahl von Datensätzen. So können große Sätze von Replikationssimulationen leicht erstellt werden. Es wurde so konzipiert, dass es ein Allzwecksimulator ist, der die meisten der üblicherweise verwendeten (und rechendurchsetzbaren) Modelle der molekularen Sequenzentwicklung enthält. SEQ-GEN ist ein Command-Line-gesteuertes Programm, das in ANSI C geschrieben wurde. Es sollte leicht kompiliert und auf einem beliebigen UNIX-System oder Workstation ausgeführt werden. Dieses Papier beschreibt die Verwendung von SEQ-Gen auf einer UNIX-Maschine. Die Anwendung erfordert eine Menge Speicher proportional zur Größe jedes simulierten Sequenzdatensatzes. Laufen SEQ-Gen Um SEQ-Gen auszuführen, geben Sie ein: SEQ-Gen <> Wenn die Parameter für das Programm (unten beschrieben) sind, ist die Baumdatei und ist der Name der Datei, die die simulierten Sequenzen enthält. Die Baumdatei muss ein oder mehrere Bäume im Phylip-Format enthalten. Die von SEQ-Gen erzeugten Sequenzen werden an den Standardausgang geschrieben (und können somit mit> in die Ausgabedatei umgeleitet werden. Andere Informationen und Ergebnisse werden in den Standardfehler geschrieben und erscheint somit auf dem Bildschirm.

SEQ-Gen. Zugehörige Software