Rate4site. ein Programm zum Erkennen konservierter Aminosäure-Sites
Jetzt downloaden

Rate4site. Ranking & Zusammenfassung

Rate4site. Stichworte

erkennen. Detektor Säure Säuretitration. saure Schriftart File Hider. Erfassungs Säurertransaktion. Nukleinsäureanalyse. multiples Sequenz-Alignment Aminosäure finden. Aminosäurefinder Suche nach Aminosäure Aminosäureanalysator. Aminosäuresequenz. Aminosäure Aminosäure-Übersetzer saures Thema. Aminosäure extrahieren Säurelösung Aminosäurerest optimale Aminosäure Nukleinsäuresequenz Aminosäure analysieren Nukleinsäure Analysieren Sie das Aminosäurepaar Aminosäuren-Paaranalyse Aminosäure-Sequenzanalyse Aminosäuresequenz analysieren Aminosäureklassifizierung. Aminosäure-Topologie Aminosäure-Detektor Aminosäure erkennen finde konservierte Mirna. konservierte miRNA finder Suche konserviert Mirna. Aminosäurekette analysieren Säureschlaufen Säuretransaktionen. ACID pro ACID Pro 7 JAR File Mobile. sc4lot simcity 4 Software-Krokodilarchitekt Frutloop PC konvertieren SD2F. PST Viewer Open. Pinacle videospin 1.1. Nokia N70 Softwear Nero Dolby R. Erster PDF-Autor ATI VGA X300E. Kostenloser Bubblet für

Rate4site. Beschreibung

Rate4Site wurde entwickelt, um ein Programm zum Erkennen konservierter Aminosäurerstellen zu sein, indem er die relative Evolutionsrate für jede Site in der Mehrfachsequenzausrichtung (MSA) berechnet. Übersicht: Die Evolutionrate ist nicht konstant zwischen Aminosäureseiten: Einige Positionen entwickeln sich langsam und werden üblicherweise als "konserviert" bezeichnet, während andere sich schnell entwickeln und als "Variable" bezeichnet werden. Die Geschwindigkeitsschwankungen entsprechen den verschiedenen Ebenen der Reinigungsauswahl, die auf diesen Stellen wirkt. Die Reinigungsauswahl kann das Ergebnis geometrischer Einschränkungen auf dem Falten des Proteins in seine 3D-Struktur, einschränkende Beschränkungen an Aminosäurstellen sein, die an der enzymatischen Aktivität oder in der Ligandenbindung beteiligt sind, oder alternativ an Aminosäureseiten, die an Protein-Protein-Wechselwirkungen teilnehmen . Rate4Site berechnet an jedem Standort die relative Evolutionärrate mit einem probabilistischen Evolutionsmodell. Dies ermöglicht das Berücksichtigung des stochastischen Prozesss zugrunde liegenden Sequenzentwicklung in Eiweißfamilien und dem phylogenetischen Baum der Proteine in der Familie. Die Erhaltungsbewertung an einer Stelle entspricht der Evolutionärrate des Standorts. Methodik: Die einzige obligatorische Eingabe in Rate4Site ist eine MSA-Datei. Das Programm berechnet dann einen phylogenetischen Baum, der mit dem verfügbaren MSA übereinstimmt (der Benutzer kann auch einen vorberechnen Baum eingeben). Es berechnet dann die relative Erhaltungsbewertung für jede Site in der MSA. Dies erfolgt entweder mit einer empirischen bayesarischen Methode oder einer maximalen Wahrscheinlichkeitsmethode (PUPKO et al., 2002).

Rate4site. Zugehörige Software