PPH. ein Programm zum Inferieren von Haplotypen von Genotypen
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PPH. Ranking & Zusammenfassung

PPH. Stichworte

Analyse Haplotyp. Erweiterte Haplotypen Haplotypanalyse. Interaktion generieren Genotypen Create interagierende Genotypen erstellen. Genotypen des Nachkommen-Arrays Phylogene genetische Bevölkerung Genotyp-Analyse Haplotypenanalyse. Ziegenhaplotypen. 3 diploid Genotypen

PPH. Beschreibung

PPH wurde entwickelt, um ein Programm zum Inferrieren von Haplotypen aus Genotypen zu sein, um zu bestimmen, ob er sich resultierende Haplotypen ergeben, die ein Baummodell passen (d. H. Eine perfekte Phylogene, ein Koaleszierungen). Bei mehr populärer genetischer Begriffe bestimmt PPH, ob ein Satz von SNP-Genotypen von Haplotyppaaren erklärt werden kann, die sich unter der No-Rekombination, unendlichen Sites-Modell, auf einer Koaleszierung entwickelt haben könnten. Daher bestimmt es für SNP-Genotyp-Daten, welche drei oder vier Gametenprüfungen (je nachdem, ob der Baum verwurzelt ist oder nicht) für Haplotyp-Daten bestimmt. Wenn Sie im Programm PPH, wenn Sie nach dem Format der Eingabedaten gefragt haben, wählen Sie einen der Zahlen 1 bis 7, wie nachstehend erläutert. Das Eingabeformat bestimmt das Ausgabeformat. Schritt für Schritt, um dieses Programm zu verwenden: 1. Geben Sie "pph.exe" ein, um das Programm zu starten. 2. Bitte geben Sie den Dateinamen ein: Geben Sie den Dateinamen der Datei ein, die Genotyp- oder Haplotypinformationen enthält. 3. Bitte geben Sie die Nummer des Dateiformats ein: (siehe Datei "format.txt"): Dieses Programm kann sieben verschiedene Arten von Formaten lesen. Bitte beachten Sie die Datei "Format.txt" Weitere Informationen zu den Formaten. Eingabewert sollte 1 bis 7 betragen. 4. Bitte geben Sie den Dateinamen ein, der den Ahnenvektor enthält, d. H. Der binäre Vektor, der den Charakter angibt, heißt es an der Wurzel des Baums. Es gibt zwei besondere Fälle von besonderer Bedeutung. Wenn die Ahnenstaaten alle-0 sind, geben Sie einfach "D" für den Standardfall ein. Wenn Sie die Ahnenstaaten nicht kennen, geben Sie "M" für den Mehrheitsvektor ein). In diesem Fall bestimmt das Programm, ob es einen unrootierten Baum gibt, der die gegebenen Genotypen entwickeln kann. 6. Eine Ausgabedatei wird erstellt. Der Name der Ausgabedatei ist "Ausgabe". Informationen zu den Ausgabeformaten finden Sie im Dateiformat.txt 7. Das Programm prüft auch die Konsistenz der Ausgabe. Das heißt, es prüft, dass jedes Ausgangs-Haplotyp-Paar tatsächlich dem richtigen Eingabegenotyp-Vektor entspricht. Das Programm meldet das Ergebnis dieses Bestätigungsschritts.

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