Iqpnni. Wichtiges Quartett-Rätsel und NNI-Betrieb
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Iqpnni. Ranking & Zusammenfassung

Iqpnni. Stichworte

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Iqpnni. Beschreibung

Der Name IQPNNI steht für ein wichtiges Quartett-Rätsel und NNI-Betrieb. Ein effizientes Baumrekonstruktionsverfahren (IQPNNI) wird eingeführt, um einen phylogenetischen Baum auf der Basis von DNA- oder Aminosäuresequenzdaten zu rekonstruieren. Unser Ansatz kombiniert verschiedene schnelle Algorithmen, um eine Liste potenzieller Kandidatenbäume zu erzeugen. Der Schlüsselzutat ist die Definition der sogenannten wichtigen Quartette (IQs), die die Berechnung eines Zwischenbaums in o (n ^ 2) Zeit für n Sequenzen ermöglichen. Der resultierende Baum wird dann weiter optimiert, indem der nächstgelegene Nachbaraustausch (NNI) -Operation (NNI) angewendet wird. Anschließend wird ein Zufallsfraktion der Sequenzen aus dem bisher gefundenen am besten gefundenen Baum gelöscht. Die gelöschten Sequenzen werden dann mit dem wichtigen Quartett-Puzzling (IQP) -Algorithmus in den kleineren Baum eingesetzt. Diese Schritte werden mehrmals wiederholt und der beste Baum in Bezug auf das Wahrscheinlichkeitskriterium, gilt als der abgeleitete phylogenetische Baum. Darüber hinaus empfehlen wir eine Regel, die angibt, wann die Suche eingehalten wird. Haupteigenschaften: Modellparameterschätzungen scheitern in seltenen Fällen für das parameterreiche Modell Invar + Gamma-Rate Heterogenität Kompatibilitätsproblem mit GCC 4.3.2 Bionj-Baum wird nun zweimal von den anfänglichen Entfernungen rekonstruiert und die korrigierten Maximum-Wahrscheinlichkeitsabstände

Iqpnni. Zugehörige Software