Hka. ein Computerprogramm, das den weit verbreiteten statistischen Test durchführt
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Hka. Ranking & Zusammenfassung

Hka. Stichworte

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Hka. Beschreibung

HKA wurde als Computerprogramm entwickelt, das den weit verbreiteten statistischen Test für die natürliche Selektion durchführt, die von Hudson, RR, M. KREITMAN und M. Aguade entwickelt wurde (1987 einen Test der neutralen molekularen Evolution auf der Grundlage auf Nukleotiddaten. Genetik 116: 153-159). Dieses Programm kann sehr große Anzahl von LOCI- und Mustergrößen umgehen und durch die herkömmliche CHI-Quadrat-Annäherung durch Koalescent-Simulation Tests durchführen. Die Simulationen können auch verwendet werden, um andere Tests der natürlichen Selektion, einschließlich Tests der TAJIMA-D-Statistik (1989) und der D-Statistik von Fu und Li (1993) durchzuführen. rational Der HKA-Test basiert auf der grundlegendsten Vorhersage des neutralen Modells der molekularen Evolution, dass der Polymorphismus der DNA-Sequenz innerhalb einer Spezies, und die DNA-Sequenzabweichung zwischen Spezies, proportional zur neutralen Mutationsrate (Kimura, 1968, 1969) ist. Zu diesen grundlegenden Erwartungen müssen wir hinzufügen, dass der Polymorphismus auch von der effektiven Bevölkerungsgröße abhängt, und dass Divergenz auch von der Zeit seit der Technik abhängt. Wenn wir die von zwei Arten gesammelten Daten in Betracht ziehen, und von mehreren Loci erwarten wir, dass alle Loci innerhalb einer Art die gleiche effektive Bevölkerungsgröße teilen, und wir erwarten, dass jeder Locus unabhängig von Arten eine charakteristische neutrale Mutationsrate haben wird (abhängig von der Länge und Ebene der selektiven Einschränkung). Somit können wir Daten zum Polymorphismus und Divergenz in Form einer Notfalltabelle berücksichtigen (Abbildung 1). Wir können auch eine ähnliche Tabelle der erwarteten Werte aufbauen, jeweils eine Funktion der grundlegenden Modellparameter, die an die Daten passen. Diese Parameter sind: T - Die Zeit seit der Änderung der Art F - das Verhältnis der beiden effektiven Bevölkerungsgrößen der beiden Arten. THETA_I = 4N1 U_I - Die Bevölkerungsmutationsrate für Locus I in Arten 1, wobei N1 - die effektive Bevölkerungsgröße der Art 1 und U_I die neutrale Mutationsrate an Ortschirmen I ist. Es gibt einen THETA-Parameter für jeden Locus.

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