Bambe Bayesianische Analyse in der Molekularbiologie und der Evolution
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Bambe Ranking & Zusammenfassung

Bambe Stichworte

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Bambe Beschreibung

Der Name Bambe steht für Bayesian-Analyse in der Molekularbiologie und der Evolution. Bambe wurde entwickelt, um ein kostenloses Softwarepaket für die Bayesian-Analyse der Phylogenies zu sein. Das Paket enthält Programme zur Analyse ausgerichteten DNA- oder RNA-Sequenzdaten und ermöglicht Datensätze mit Lücken oder unbestimmten Stellen. Das Hauptprogramm verwendet eine Vielzahl von Metropolis-Hastings-Algorithmen, um von der gemeinsamen hinteren Verteilung von phylogenetischen Bäumen- und Wahrscheinlichkeitsmodellparametern zu probieren. Andere Programme in der Vertriebshilfe bei der Analyse der abgetasteten Bäume und Parameterwerte. Hinweis: Jeder erteilt die Erlaubnis, dieses Softwarepaket und die Begleitdokumentation für den persönlichen akademischen Einsatz zu kopieren und zu verwenden Haupteigenschaften: Eine Wahl der Wahrscheinlichkeitsmodelle. hky85 (Hasegawa-Kishino-yano, 1985) F84 (wie in Felsensteins Phylip implementiert) TN93 (Tamura-Nei, 1993) Eine Wahl der Metropolen-Hastings-Sampler zum Vorschlag neuer phylogenetischer Bäume (einschließlich einer neuen skalierten Betaverteilungsversion von lokal). Metropolis-Hastings-Sampler zum Vorschlag neuer Modellparameter. die Wahl der separaten Sampler für Einbrenne und Inferenz. Flexible Spezifikation der Site-Kategorien mit separaten Parameterwerten für jede Site-Kategorie. Eine Wahl, um die Suche an einem zufälligen Baum, dem UPGMA-Baum, dem Nachbarverbindungsbaum oder einem benutzerdefinierten Baum zu initialisieren. Zwei Formate (Bambe und Newick) zum Lesen und Schreiben von Bäumen. HTML-Hilfedateien. Grafische Echtzeitüberwachung der Baum- und Modellparameter.

Bambe Zugehörige Software