nmoldyn. ein interaktives Programm zur Analyse der Trajektorien der molekularen Dynamik
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nmoldyn. Ranking & Zusammenfassung

nmoldyn. Stichworte

analysieren simulieren berechnen Molekülsimulation Molekülanalyse. Flugbahnberechnung.

nmoldyn. Beschreibung

Ein interaktives Programm zur Analyse von Molecular Dynamics Trajektorien NMoldyn ist ein interaktives Analyseprogramm für molekulare Dynamiksimulationen. Es ist speziell für die Berechnung und Zersetzung von Neutronenstreuspektren ausgelegt, sondern auch andere Mengen. Streuungsfunktion · elastischer inkohärenter Strukturfaktor Andere Mengen Mittelquadratische Verschiebung · Geschwindigkeits-Autokorrelationsfunktion · Speicherfunktion · Arbeitsfunktion für die Autocorrelationsfunktion · Dichte der Zustände · Winkelgeschwindigkeit Autokorrelationsfunktion (und seines Spektrums) · Neuorientierungskorrelationsfunktion Darüber hinaus kann NMOLDYN modifizierte Flugbahnen von modifizierten Flugbahnen bauen eine Input-Trajektorie: · Steifkörper-Trajektorien, bei denen die inneren Bewegungen der Moleküle (oder der Teile davon) · Winkelflugbahnen beseitigt sind, die starrer Körperbewegungen durch Massenmassen- und Orientierung (Quaternion) -Oordinaten · gefiltertes TRAjecto. Von welchen Bewegungen außerhalb eines bestimmten Frequenzintervalls entfällt NMOLDYN, hat sowohl eine grafische Benutzeroberfläche, die einfach zu bedienen ist, und eine Befehlszeilenschnittstelle für erfahrene Benutzer. Letzteres ist auch für Situationen geeignet, in denen die grafische Schnittstelle aus technischen Gründen nicht verwendet werden kann (Netzwerkeinschränkungen usw.) nmoldyn verwendet das molekulare Modellierungs-Toolkit (MMTK) und erwartet, dass Trajektorien in MMTK-Format (NetCDF-Dateien) sind. Trajektory-Konverter für Charmm / X-Plor / namd- und dlpoly-Trajektorien sind in der Verteilung enthalten. Ein Konverter für Bernsteinflugbahnen ist separat verfügbar. Alle NMoldyn-Berechnungen können auf ein gesamtes System oder an willkürliche Teilmengen angewendet werden. Die häufigsten Teilsets können in der grafischen Benutzeroberfläche aus einer Liste ausgewählt werden, weniger gängige Auswahl können durch Python-Code über die Befehlszeilenschnittstelle angegeben werden. NMoldyn sollte mit allen großen Varianten von UNIX (einschließlich Mac OS X und Linux) und Windows arbeiten. Es gibt wenig systemspezifische Code in NMoldyn selbst, sodass das Portieren von NMOLDYN an andere Systeme unkompliziert sein sollte. Anforderungen: · Python Was ist neu in dieser Version: · Fehlerbehebung · Trajektory-Konverter für dl_poly 3

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