Xcellerator Mathematica-Paket für biologische Modellierung
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Xcellerator Beschreibung

Mathematica-Paket für biologische Modellierung XCellerator ist ein freies und offenes Source-Paket für Mathematica, das die biologische Modellierung über die automatisierte Umwandlung chemischer Reaktionen in ODES unterstützt. XCellerator ist rückwärts mit der in Cellerator definierten Reaktionssyntax kompatibel, verwendet jedoch einen völlig anderen Algorithmus, um die Übersetzung auszuführen. Hinweis: Xcellerator ist lizenziert und verteilt unter den Bedingungen der GNU-Bibliothek oder der lerner allgemeinen öffentlichen Lizenz (LGPL). Hier sind einige wichtige Funktionen von "Xcellerator": · Erweiterbarkeit der Modellgröße: Schnellere Reaktionsübersetzung (bis zu 100-mal schneller als Cellerator) · Software-Erweiterbarkeit: Direkte Einstiegspunkte sind auf diejenigen beschränkt, die vom Benutzer benötigt werden, um die Möglichkeit der globalen Kennungskollision erheblich zu reduzieren · Reaktionsdehnbarkeit: Der Benutzer kann neue Reaktionen "auf der Fliege" definieren · Stochastische Modelle mit Gillespie's SSA · Modell-Erweiterbarkeit: SBML-Eingangs- und Ausgabestütze (von MathSBML bereitgestellt) · Diskrete Ereignissimulation · Auftrags- und Rate-Regeln - Möglichkeit, ein Modell als Regeln zusätzliche Einschränkungen hinzuzufügen. · Multi-Cellular / Multi-Fach-Modelle Anforderungen: · Mathematica. Was ist neu in dieser Version: · Beförderung von eingekapselten Variablen wie Diamant fixieren.

Xcellerator Zugehörige Software