T-RFDRED. Eine Gruppe von Perl-Skripts, die den Forschern unterstützen, die Profiie-Peaks eines TRFLP-Fingerabdrucks mit Klonbibliotheken von teilweise sequenzierten 16s-RRNA-Genen zu identifizieren
Jetzt downloaden

T-RFDRED. Ranking & Zusammenfassung

T-RFDRED. Stichworte

identifizieren Bezeichner Profilspitzen identifizieren. Profil Peaks Identifier. Verwenden Sie die Klonbibliothek Profilspitze

T-RFDRED. Beschreibung

Eine Gruppe von Perl-Skripts, mit denen Forscher helfen, die Profiie-Peaks eines TRFLP-Fingerabdrucks mit Klonbibliotheken von teilweise sequenzierten 16S-RRNA-Genen zu identifizieren T-RFDRED, Terminal-Restriktionsfragment-Vorhersage ist eine Gruppe von Perl-Skripts, die den Forschern dazu beitragen, die Profilgipfel eines TRFLP-Fingerabdrucks unter Verwendung von Klonbibliotheken von teilweise sequenzierten 16S-RRNA-Genen aus derselben Probe zu identifizieren. In ähnlichen Silico-Verfahren sind ähnlich dazu notwendig, Restriktionsfragmentspitzen zu identifizieren. Grundsätzlich schätzt diese Methode die erwartete Größe Ihrer Klonsequenzen für ein gegebenes Restriktionsenzym. T-RFDRED verwendet die ausgerichtete Genbank-Version des ribosomalen Datenbankprojekts (RIDP), das neu formatiert wird, um den Prozess zu beschleunigen. Die Idee hinter dieser Methode ist, dass man in den meisten Fällen nur Teilsequenzen in einer Klonbibliothek und nicht das gesamte 16s-RRNA-Gen haben kann. Der Primer, der hauptsächlich für den T-RFLP verwendet wird, ist üblicherweise genauso wie der zur Sequenzierung und dann schätzt das Athe-Verfahren die Länge des Fragments durch Hinzufügen der Länge des Oligonukleotids, der Schätzung der Länge der "Lücke und die Länge der Probenfolge vom Beginn der Probensequenz bis zur ersten Zielgröße des Restriktionsenzyms. Die Länge der "Spalt", fehlenden Basen zwischen dem Ende des Oligonukleotids und dem Beginn der Probensequenz, wird basierend auf einer Reihe von Sequenzen geschätzt, die am engsten mit der Probenfolge in einer Teilmenge der ribosomalen Datenbankprojektsequenzen zusammenhängt Das ist lang genug, um das Oligonukleotid zu überspannen. Ein lokaler Blastn ist die besten Treffer und dann Smith-Waterman-Ausrichtungen der Mustersequenz und die besten Hits geben genaue Prozentikalität. Auch T-RFDRED gibt die Taxonomie des nächstgelegenen Verwandten.

T-RFDRED. Zugehörige Software