Strom Ein Rahmen für die Modelltranskriptionsregulierung mit statischen thermodynamischen Modellen
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Strom Beschreibung

Ein Rahmen zur Modellierung der Transkription mit statischen thermodynamischen Modellen Der Name der Stream Java-Anwendung ist eine Abkürzung des folgenden langen Namen: statisches thermodynamisches regulatorisches Regulierungsmodell der Transkription. In Kürze ist Stream ein Bioinformatikantrag für Forscher, der die Transkriptionsregulation eines bestimmten Gens modellieren möchte, und seine Transkriptionsleistung in verschiedenen Situationen vorhersagen. Stream ist der erste öffentlich zugängliche Rahmen für die Modellierung, Visualisierung und Vorhersage der Regulation der Transkription Rate eines Zielgens.Arbeiten-Transkriptionsregulationsregulation eines Gens im Detail ist ein entscheidender Schritt zur Aufdeckung und letztendlich der regulatorischen Grammatik des Genoms. Die Modellierung von Transkriptionsregulierungen mit thermodynamischen Gleichungen ist zu einem immer wichtigeren Ansatz zu diesem Ziel geworden. Vermischt die Konzentration eines Satzes von Transkriptionsfaktoren sowie den Bindungsstellen der Transkriptionsfaktor in einem regulatorischen DNA-Bereich und der Konzentration des Zielgens, die Stream optimiert Parameter, um ein Modell zu generieren, das am besten in die Eingabedaten passt. Dieses geschultes Modell kann dann verwendet werden, um: · Validieren, dass der gegebene Set von TFS das Zielgen regulieren kann, und · Vorhersage der Transkriptionsrate unter verschiedenen Bedingungen (z. B. verschiedene Gewebe, Knockout / zusätzliche TFs oder mutierte / fehlende TFBs). Anforderungen: · Java

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