Epipath Analyseplattform für molekulare Epidemiologie von Infektionskrankheiten
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Epipath Ranking & Zusammenfassung

Epipath Stichworte

analysieren Lager Analysator evolutionäre Daten analysieren Epidemiologischer Datenspeicherung. Bevölkerungsdatenanalyse.

Epipath Beschreibung

Analyseplattform für die molekulare Epidemiologie von Infektionskrankheiten epiPATH ist eine Open Source Bioinformatics Plattform zu analysieren und speichern evolutionär, epidemiologischen und Bevölkerungsdaten von Infektionskrankheiten. epiPATH konzentriert sich hauptsächlich auf Krankheitserreger und die Sequenzen, die in einem Labor erhalten werden. Diese Software ist in der täglichen Arbeit zu Hilfe Anwender mit der großen Menge an Daten, die in Sequenzierungsprojekten erzeugt sowie klinische und epidemiologische Daten. epiPATH stellt eine Art Labor-Informations-Management-System (LIMS), die auf der Analyse der beiden Arten von Daten (klinische und molekulare) zugleich ausgerichtet ist. Was ist neu in dieser Version: · Neues Werkzeug eine fasta Datei pro gegebenen Proben-ID, der Region und Projekt abzurufen. · EpiPATH-Tools Analysepaket umfasst Divergenz und Neutralität Tests Analysen (bereits in unserer Plattform integriert). · Datenexport-Werkzeug verbessert. Jetzt können Sie Sequenzen in fasta im richtigen Leserahmen exportieren. · RevTrans zur Plattform hinzugefügt. · TransAlign gelöscht, weil wir einige Ausrichtungen mit Fehlerlücken erhalten. · Die meisten übliche komplexe Abfragen hinzugefügt in einem neuen Bereich Suche. · Statistische Tests basierend auf Koaleszenz wurden hinzugefügt. · Einige Libsequence Programme hinzugefügt epiPATH Plattform (Compute). · EpiPATH-Tools Analysepaket enthält polymorhpism und auch / nicht auch Analysen (bereits in unserer Plattform integriert). · Einige MSA-Tools hinzugefügt epiPATH Plattform (transAlign, Muskel-, T-Kaffee, MAFFT und probcons). · Einige EMBOSS Tools epiPATH Plattform (Tranalign und Transeq) zugegeben. · BLAST-Tool epiPATH Plattform hinzugefügt. · Bei dem mit einer Sequenz in einem Textfeld, Leerraum (oder anderen Zeichen) vom Anfang und Ende der Zeichenfolge gesucht werden gelöscht. · Anzeige der Ergebnisse der epiPATH Suche verbessert mit Optionen Export von Daten in verschiedenen Formaten (Text, Excel und fasta). · Benutzerdaten Dateien Upload-System implementiert. · Externe Datenbanken Suche implementiert Tools für EMBL, NCBI, LANL-HCV und euHCVdb Datenbanken. · Insert, Update und Delete-Tools auf die neue Interface-Design angepasst und Scripts modifiziert, um neue Ansichten und Datenbankstruktur zu erfüllen. · Suchen Daten Werkzeug an die neue Interface-Design angepasst und Scripts modifiziert, um neue Ansichten und Datenbankstruktur zu erfüllen. · Überprüfen Sie Genotyp Skript das neue Datenbankschema zu erfüllen geändert. · Aufrufe Zugangssystem verbesserte zwischen allgemeinen Daten, Benutzerprojektdaten und klinischen Daten eines gemeinsamen Patienten zu unterscheiden. · Eine Reihe von jeder Tabelle kann nicht gelöscht werden, wenn sie aus einer anderen Tabelle verwiesen wird. Diese Tatsache verhindert, dass Informationen zu löschen, ohne es zu wissen. · Lokale Daten aktualisiert, um neue Änderungen zu erfüllen. · Datenbankstruktur: laboratory_processes Tabelle wurde bei FKs geändert. · Datenbankstruktur: relation_E Tabelle als n-n-Beziehung zwischen den Primern und laboratory_processes Tabellen erstellt wurde. · Datenbankstruktur: Tipptabelle gelöscht wurde und typing_result wurde Sequenzen Tabelle als Attribut hinzugefügt. · Datenbankstruktur: Sequenztabelle wurde bei PK geändert, komponiert von sequencing_id, sample_id und samples_project. · Datenbankstruktur: Amplifikationen Tabelle wurde bei PK geändert, durch amplification_id zusammengesetzt, sample_id und samples_project. · Datenbankstruktur: Extraktionen Tabelle bei PK geändert wurde, von extraction_id zusammengesetzt, sample_id und samples_project. · Datenbankstruktur: test_results Tabelle wurde bei FKs geändert. · Lokale Daten aktualisiert: Proben und test_results Tabellen aktualisiert. · Datenbankstruktur: relation_CC Tabelle wurde bei PK geändert, komponiert von sample_id, samples_project und pathogen_id und bei FKs. · Datenbankstruktur: Speichertabelle wurde bei PK geändert, komponiert von sample_id, samples_project und storing_date und bei FKs. · Root-Projekt zu ALL anstelle von NULL geändert. · Datenbankstruktur: Proben Tabelle wurde bei PK geändert, komponiert von sample_id und Projekt, und bei FKs. · Legen Sie Datenformulare geändert leere Felder zu ignorieren.

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