Dawgpaws unterstützt eine verteilte Annotations-Arbeitsgruppe (Dawg) in der Sequenz Annotation von BAC-Konstigs
Jetzt downloaden

Dawgpaws Ranking & Zusammenfassung

Dawgpaws Stichworte

Reihenfolge kommentieren Gen Gen Annotation Annotieren von Genen Sequenz Annotation

Dawgpaws Beschreibung

Unterstützt eine verteilte Annotations-Arbeitsgruppe (Dawg) in der Sequenz Annotation von BAC-Konstigs Dawgpaws ist eine Reihe von Befehlszeilenprogrammen, die in Perl geschrieben wurden, die die Annotation von Genen und umsetzbaren Elementen in Pflanzengenomen beschleunigt, indem der Prozess der laufenden Annotationsprogramme automatisiert wird und kombinierte Beweise an die Annotationskuration erleichtert wurde, dass diese Suite der Software anfangs geschrieben wurde, um zufällig abgestimmte Weizen zu kommunizieren BACS, es wird auf eine Pipeline bezeichnet, um Weizen-SEQUNCES (PAWs) anzurichten. Obwohl diese Programme anfänglich für Weizen konzipiert wurden, können die Skripts auch leicht auf nahezu jeder eukaryotischen Sequenz-Annaturierpipeline angewendet werden. Die Skripte in dieser Suite sind so konstruiert, dass er eine hohe Durchsatzerzeugung von Rechenergebnissen für die Gene-Annotation und die umlaufbare Elementanmerkung mit einem Anzahl vorhandener Sequenz-Anotationsprogramme. Diese Ergebnisse werden von der nativen Ausgabe der einzelnen Annotationsprogramme in das Standard-GFF-Dateiformat umgewandelt. Da eine GFF-Datei eine einfache Registerkarte delmherited-Textdatei ist, können mehrere Rechenergebnisse für eine einzelne Sequenz leicht mit Standard-Text-Maninpulation-Werkzeugen wie Katze verkettet werden. Beweis, dass Katzen und Dawgs gut zusammen spielen können. Dawgpaws bietet zusätzliche Werkzeuge zur Erleichterung des Apollo Genom-Annotation-Kurationstools zur Visualisierung und der Kuration der Rechenergebnisse. Hier sind einige wichtige Funktionen von "Dawgpaws": · FASTA-Dateimanipulation, um Sequenzen für die Annotationspipeline vorzubereiten · Annotation von Lücken in den Sequenzanordnungen · Ausführen von AB Initio-Gen-Anotations- und transponierbaren Annotationsprogrammen in einer Hochdurchsatz-Pipeline · Blast-Pipeline für den Einsatz in einem Cluster-Computing-Framework · Umwandlung der Ausgabe von der Anmerkungssoftware in das gemeinsame GFF-Dateiformat · Umwandlung von GFF-Dateien in das spiel.xml-Format · Hilfe ist in allen Befehlszeilenprogrammen mit Command Line-Flags verfügbar. Hilfe Info und vollständige manuelle Dateien sind für einige Programme noch in der Entwicklung · Manuelle Seiten für die einzelnen Programme sind auf der DAWGPAWS-Website verfügbar und enthalten im Release-1.0-Download der DAWGPAWS-Suite.

Dawgpaws Zugehörige Software