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Ermöglicht das Analysieren und Visualisieren von Sequenzierungsdaten der nächsten Generation. CLC Genomics Workbench Unsere neue Lösung zur Analyse und Visualisierung der Sequenzierung der nächsten Generation. CLC Genomics Workbench beinhaltet Spitzentechnologie und -algorithmen, während sie auch mit dem Rest Ihrer typischen NGS Workflow unterstützt und integriert werden von RAM auf dem Gerät, auf dem die Software ausgeführt wird. CLC Genomics Workbench kann auch die SNP-Erkennung, die De-Novo-Baugruppe und eine große Anzahl von nachgeschalteten Analysen unterstützen. Hier sind einige wichtige Funktionen von "CLC Genomics Workbench": · De Novo-Montage von Sanger, 454, Illumina Genom Analyzer, Helicos und solide Daten. · Referenzbaugruppe von Sanger, 454, Illumina Genom Analyzer, Helicos und solide Sequenzdaten. · Referenzmontage von gemischten Datensätzen (z. B. 454 und Illumina Genom Analyzer). · Referenzmontage von Genomen jeder Größe. · Montage von Standard-Lesedaten und -unterstützung für die Montage von gepaartem Endreads / Mate-Paar liest jede Sequenzierungstechnologie. · Erweiterte grafische Werkzeuge zur Erkennung großer Mutationen und Umlagerungen. · Single Reads - Deckung und Konflikte. · Gepaarte Enden liest - grafische Übersicht. · Gepaarte Enden liest - Einfügungen und Löschungen. · Gepaarte Enden liest - Vervielfältigungen und Inversionen. · Unterstützung für Multiplex-Sequenzierung nach Dateinamen. · Unterstützung für Multiplex-Sequenzierung durch protelligentes TAG. · Maskierung der Referenzbaugruppe basierend auf Annotationen wie z.B. Exons. · Integration mit den Hochleistungs-Computing-Lösungen von CLC BIO, sodass Baugruppen sehr schnell herstellen. · Interaktives und zoomfähiges Ansehen von Genomanordnungen, einschließlich Sequenzierungslesen, Qualitätsdaten und Referenzsequenzen. Vollständige Integration der Zuschauer mit den nachgeschalteten Analysen. · Qualitätsberichte und Statistiken zu Rohdaten. · Dieser Assistent wird verwendet, um parallele markierte Sequenzdaten zu behandeln. Die Verwendung von markierten Proben kann den Sequenzumsatz der Sequenzer der nächsten Generation dramatisch erhöhen . Die Analyse dieser Muster von gemischten Daten erfolgt durch die Genomics Workbench. · Matthias Meyer, Udo Stenzel und Michael Hofreiter, "Parallel markierte Sequenzierung auf der 454-Plattform", Naturprotokolle 3, - 267 - 278 (2008) · Dieser Assistent wird verwendet, um parallele markierte Sequenzdaten zu behandeln. · Filterung und Trimmen der Liegen. · Advanced SNP-Nachweis. · SNP-Berichterstattung. · Unterstützung für die Integration mit CLC BioinFormatics-Datenbank. Anforderungen: · 256 MB RAM erforderlich. · 2 GB RAM empfohlen. · 1024 x 768 Anzeige empfohlen. · 3D-Anzeigen erfordert einen OpenGL-3D-Grafik-Treiber (inklusive fast alle Grafikkarten). · Montage und Analyse von Genomen bis zu 10 Mega-Basen: 2 GB RAM erforderlich; 4 GB RAM empfohlen. · Montage und Analyse größerer Genome: 2 GB RAM erforderlich; 8 GB RAM empfohlen. · 64-Bit-Computer- und Betriebssystem für mehr als 2 GB RAM empfohlen. Einschränkungen: · 30 Tage Probezeit. Was ist neu in dieser Version: · Globale Ausrichtung für lange Reads beim Laufen des Referenzmontagealgorithmus · Gappe Farbraumausrichtung beim Leiten der Referenzmontage · Deutlich verbesserte Geschwindigkeit aller Vorgänge mit großen Datensätzen RNA-SEQ-Analyse: · Leistungsoptimierung: Ein Lauf von 44 Mio. liest gegen das Mausgenom nun 32 Minuten auf einem achtkernigen Computer mit 32 GB RAM dauert. Dies war früher mehr als zwei Stunden. Mit der vorherigen Version wurden viele kleine temporäre Dateien erstellt und gelöscht, und dies dauerte lange und beeinträchtigt die allgemeine Reaktionsfähigkeit des Comupters. Im Vergleich dazu wird mit der neuen Version nur ein kleiner Fraktion temporärer Dateien erstellt. · Neue Option zum Angeben einer minimalen erforderlichen Exon-Überlappung der Reads, die eine Exon-Exon-Kreuzung erstrecken. Weiterlesen... · Neuer RNA-SEQ-Bericht, der den statistischen Überblick über den Montageprozess ergibt. Weiterlesen... · Ergebnistabelle Jetzt berichtet die Anzahl der Exon-Exon- und Intron-Exon-Anschlussknotenüberschriften. · Ergebnis Tabelle berichtet jetzt Chromosomenort der Gene. Weiterlesen... · Visualisierung der Reads, die Exon-Exon-Verbindungen umfassen. Weiterlesen... · Liest das Mapping gleichermaßen in Bezug auf Intron-Exon- und Exon-Exon-Grenzen, die jetzt als einzigartige Exon-Exon-Spanning-Reads identifiziert werden. · RPKM ist in der Bedienungsanleitung besser definiert. Weiterlesen... · Die Standardeinstellung für Multi-Hits ist jetzt 10 wie im Mortazavi-Papier mehr ... · Sehr kurze Reads werden jetzt zusammengebaut, um mehr Fehlanpassungen zu ermöglichen. Ausdrucksanalyse: · Volcano-Plots: Sie können jetzt die Werte auswählen, um auf der X-Achse aufzutragen. Wählen Sie zwischen "Differenz" und "Fold Change". Weiterlesen... · Die Tabellenansicht von Balkengrundlagen zeigt die gleichen Intervalle, wie sie in der Balkabranz dargestellt sind. · Generischer Importeur für Expression-Array-Daten im tabellarischen Format. Weiterlesen... · Generischer Importeur für Expression-Experiment-Annotationsdaten im tabellarischen Format. Weiterlesen... · Gene Ontology (Go) -Dateien können jetzt verwendet werden, um ein Expressionsexperiment anzusetzen. Weiterlesen... · Tag-Profiling: Sie dürfen nicht mehr Tag-Samples annotieren, nur Experimente · Die Seitenansicht des Experimentiertisches wurde neu organisiert, um einen besseren Überblick bereitzustellen. Weiterlesen... Importieren Sie hohe Durchsatz-Sequenzierungsdaten: · Importieren Sie das Werkzeug, das von der Toolbox in das Dateimenü und die Werkzeugleiste verschoben wird. Weiterlesen.. · Importieren und exportieren des SAM-Ausrichtungsformats. Weiterlesen... · Import von Ausrichtungsdaten im tab-begrenzten Format, einschließlich des ELAND-Ausrichtungsformats. Weiterlesen... · Import von Illumina QSEQ-Dateiformat. Weiterlesen... · Linker in 454 Daten werden auch für nicht perfekte Übereinstimmungen gefunden. Lesen Sie mehr ... Verbesserte Visualisierung von CONSTIGS: · Nicht ausgerichtete Nukleotide an der Innenseite der gekoppelten Liegestellen sind jetzt gezeigt · Die gekoppelten Lesungen haben eine einzelne Linie, die das Paar anstelle von Lücken verbindet · Ziehen Sie Griffe, um den ausgerichteten / uneinrichteten Rand zu bewegen, werden nur gezeigt, wenn Sie die Basen der Reads sehen können. Dies bedeutet, dass Sie in 100% oder mehr vergrößert und kompakte Kompaktstufen "nicht kompakt" oder "niedrig" gewählt haben müssen. Andernfalls sind die Griffe zum Ziehen nicht verfügbar (dies erfolgt, um die visuelle Übersicht einfacher zu machen). Weiterlesen.... · Es ist möglich, Paare anzuzeigen, die überlappen · Die nicht zusammengebauten Liegestellen von einer Baugruppe behaftet nun ihren gepaarten Endstatus (dies bedeutet auch, dass Sie zwei Listen erhalten können - eines mit Paaren und eines mit dem Rest der gebrochenen Paare · Die SNP-Erkennungsentabelle wird jetzt berichtet, wenn mehrere nicht-synonyme SNPs in derselben Codon existieren · SNP-Erkennungsdialog: Die Qualitätsfilterung ist nicht mehr deaktiviert, wenn die Qualitätsanzeigen fehlen. Aufgrund Leistungsfragen ist es nicht möglich, zu überprüfen, ob Qualitätswerten anwesend sind. Die SNP-Erkennung lässt einfach die Quality Score-Filterung aus, wenn Qualitätswerte nicht vorhanden sind. · SNP-Erkennung: Erkennung von Varianten mit einer Frequenz von weniger als 1 Prozent. · CONTIG-Bericht enthält nun Informationen zur Deckung sowohl für abgedeckte Regionen als auch für die gesamte Referenz. Weiterlesen... · Die Öffnung der Konsenssequenz einschließlich Lücken wird auch ns, bevor die Konsenssequenz beginnt und nachdem sie endet · Die Trimmfunktionalität enthält jetzt die Möglichkeit, eine vordefinierte Anzahl von Nukleotiden von einem beliebigen Ende eines Lesens abzubauen. Weiterlesen... · Gateway-Klonen. Einfache und benutzerfreundliche Unterstützung zum Erstellen von Gateway-Einträgen und Ausdrucksklonen. Weiterlesen... · Suche nach Übereinstimmungen zwischen allen Ihren gespeicherten Primern. Das Fachbindungsseiten-Tool wurde erheblich verbessert, bis Sie jetzt unter allen Ihren Primern suchen können. Darüber hinaus erhalten Sie auch eine tabellarische Leistung der Bindungsstellen und mögliche Fragmente. Weiterlesen... · In SILICO PCR: Erstellen Sie das PCR-Produkt auf Basis von Primer-Paar- und Vorlagensequenz (einschließlich Primer-Erweiterungen). Als Teil der verbesserten Find-Bindungsstellen und Erstellen von Fragmenten-Tool können Sie das PCR-Produkt aus der Liste der Fragmente über ein Rechtsklick-Menü extrahieren. Weiterlesen... · Überprüfen Sie die Primer-Spezifität. Als Teil der verbesserten Fonds-Bindungsstellen und ein Fragmenten-Tool können Sie mit einem Primer-Paar in einer Liste potenzieller Zielsequenzen suchen und eine Übersichtstabelle von Bindungsstellen und Nichtüberwachungen sowie potenzielle PCR-Fragmente sehen. Weiterlesen... Einsatz: · Sie können einen Pfad an den Standarddatenstandort einstellen, wenn die Workbench zum ersten Mal beginnt. Dies ist eine Funktion, um Systemadministratoren zu unterstützen, in denen neue Installationen pro Standard, die ihre Daten speichern. Weiterlesen... · Unterstützung beim Entfernen von Tools Zugriff auf das Internet (NCBI-Blast, Aktualisierungsbenachrichtigungen usw.). Weiterlesen... Allgemeiner Import und Export: · Unterstützung für den Import komplexer Regionen aus GFF-Dateien · Exportieren von Tabellen und Berichten in Excel-Format. · Importabschnitt der Benutzerhandbuch neu strukturiert, um eine bessere Übersicht bereitzustellen. Lesen Sie mehr .... Expressionsdatenimporteure werden jetzt in technischen Details in einem separaten Abschnitt beschrieben. Lesen Sie mehr .... · Sie können jetzt mehrere Sequenzlisten in FASTA-Format exportieren · Der erzwungene Import von Zip-Dateien wird jetzt unterstützt (er zwingt den Inhalt der ZIP-Datei importiert) · Der Standardimport akzeptiert jetzt GZIP- und TER-Dateien sowie zip · Wenn ein erzwungener Import fehlschlägt, gibt es mehr technische Informationen darüber, was schief gelaufen ist, wodurch Sie eine schlechte Formatierung der Importdateien identifizieren können · Sowohl Genbank als auch GFF-Importeur versucht jetzt mehrere Versuche, Gene namens zu nennen, die keinen Gennamen haben. Es wird iterativ die folgenden Qualifikation aussuchen: "Produkt", "locus_tag", "protein_id" und "transkript_id" · Beim Importieren von Genbank-Dateien, in denen die angegebene Länge nicht mit der tatsächlichen Reihenfolge übereinstimmt, wird eine Warnung angezeigt, aber die Sequenz wird akzeptiert. · Wenn Sie im CSV-Format exportieren, werden die Gebietsschemaeinstellungen verwendet, um zu bestimmen, ob Komma oder Seitliner als Delimiter verwendet werden sollen (Komma, die für US-Regionen verwendet werden). · Das GFF-Plug-In wurde aktualisiert, um komplexe Anmerkungen zu akzeptieren Sonstig: · Erweiterte Nachrüstung von Anmerkungen mit der Annotationstabelle. Weiterlesen... · Verbesserte Berichterstattung von Situationen, wenn eine vollständige Festplatte das Speichern von Daten verhindert · Herunterladen von Sequenzen mithilfe von Drag & Drop von der Suchabelle erstellt kein "Downloading ..." -Knoten in dem Ordner. Der Download-Prozess kann auf der Registerkarte Prozesse überwacht werden. · Primer-Design unterstützt nun PCR-Fragmente, die länger als 5000 bp sind. · Extrahieren von Sequenzen, die von der Datei MANU in Toolbox-> Allgemeine Reihenfolgeanalyse verschoben werden. Weiterlesen... · Bessere Fortschrittsrückmeldung zu verschiedenen Dialogen Fehlerbehebung: · Problem mit der Bestellung von Genen beim Einrichten von RNA-SEQ-Experimenten. Wenn die Reihenfolge der Eingabesequenzen nicht für alle Proben gleich war, wäre das Experiment falsch. · Falsche Orientierung von massiven MATE-PAIR-Daten fixiert · Problem mit der Benennung von Registerkarten behoben. Der Fix bedeutet, dass auf Windows- und Linux-Daten jetzt einen * erhält, anstatt den TAB-Namen fett und kursiv zu erstellen. (Dies war immer das Verhalten auf dem Mac OS X). · Problem behoben, das das Beschriftung "Kopieren ..." anzeigt, wenn Sie Daten kopieren und dann den Ordner aktualisieren · Irreführendes Etikett, wenn sie montiert, kürzer als 15 bp. Nun heißt es, dass diese Reads in der Montage ignoriert werden

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