Biopython Kostenlose Bioinformatik Python-Anwendungen und Bibliothekenpaket
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Biopython Stichworte

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Biopython Beschreibung

Kostenlose Bioinformatik Python-Anwendungen und Bibliothekenpaket BIOPYTHON ist eine verteilte kollaborative Anstrengung, um kostenlose Python-Anwendungen und Bibliotheken zu entwickeln, die den Bedürfnissen der aktuellen und zukünftigen Arbeiten in Bioinformatics ansprechen. Biopopython ist ein Satz von Bibliotheken, um die Fähigkeit zu bieten, mit "Dinge" von Interesse an Biologen, die auf dem Computer arbeiten, mit dem Interesse an Biologen umgehen. Im Allgemeinen bedeutet dies, dass Sie zumindest einige Programmiererfahrung (natürlich in Python, natürlich!) Oder mindestens ein Interesse an Programm lernen müssen. Die Aufgabe von Biopython ist es, Ihren Job als Programmierer einfacher zu gestalten, indem er wiederverwendbare Bibliotheken liefert, damit Sie sich auf die Beantwortung Ihrer spezifischen Interessesfrage konzentrieren können, anstatt sich auf die Einbauten der Analyse eines bestimmten Dateiformats zu konzentrieren (natürlich, wenn Sie mithelfen möchten Wenn Sie einen Parser schreiben, der nicht existiert und in Biopython beiträgt, gehen Sie bitte weiter!). So ist der Job von Biopython, dich glücklich zu machen! Hier sind einige wichtige Funktionen von "biopophon": · Die Fähigkeit, Bioinformatics-Dateien in Python-Nutzungsdatenstrukturen zu analysieren · Die Dateien in den unterstützten Formaten können über eine Wörterbuchschnittstelle über Datensatz per Daten aufnehmen oder indiziert und aufgerufen werden. · Code, um sich mit beliebten Online-Bioinformatikzielen umzugehen · Schnittstellen zu gängigen Bioinformatik-Programmen · Eine Standardsequenzklasse, die sich mit Sequenzen, IDs auf Sequenzen und Sequenzfunktionen befasst. · Werkzeuge zur Durchführung gemeinsamer Operationen auf Sequenzen, wie zum Beispiel Übersetzung, Transkription und Gewichtsberechnungen. · Code, um die Klassifizierung von Daten mit k nächsten Nachbarn, naiven Bayes oder Support-Vektor-Maschinen auszuführen. · Kodex für den Umgang mit Ausrichtungen, einschließlich einer Standard- und Umgang mit Substitutionsmatrizen. · Code macht es einfach, parallele Aufgaben in separate Prozesse aufzuteilen. · GUI-basierte Programme, um grundlegende Sequenz-Manipulationen, Übersetzungen, Strahlen usw. auszuführen. · Umfangreiche Dokumentation und Hilfe bei der Verwendung der Module, einschließlich dieser Datei, Online-Wiki-Dokumentation, der Website und der Mailingliste. · Integration mit BIOSQL, einem Sequenzdatenbankschema, das auch von den Projekten BIOPERL- und BIOJAVA unterstützt wird. Anforderungen: · Python 2.3 oder höher · NUMPY. Was ist neu in dieser Version: · Die Arbeit von Tiago Antao am Bevölkerungsgeistik-Modul bringt einen Befehlszeilenwickler für Genepop, der die Schätzung von F-Statistiken, Null-Allelfrequenzen und Migrationsraten sowie Tests für die Isolation durch Entfernung (IBD) und Abweichung vom Hardy-Weinberg-Gleichgewicht ermöglicht. · Bio.seqio und bio.alignio haben nun eine neue konvertierte () -Funktion, die eine einfache (und möglicherweise optimierte) Konvertierung zwischen Dateiformaten ermöglicht. BIO.SEQIO erhält auch eine neue Index () -Funktion, die einen zufälligen Zugriff auf Sequenzen in einer Datei ermöglicht, ohne jeden Datensatz in dieser Datei in den Speicher zu lesen. · Die neue Version fügt auch Befehlszeilenverpackungen für die Präsidelversionen der Phylip-Phylogene-Programme hinzu, und der NovoAlign-Assembler von Novacraft - Plus-Kürble ein paar kleinere Fehler, die seit 1,51 gemeldet wurden, wurde veröffentlicht.

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