Bioperl Open-Source-Toolkit von Perl-Modulen nützlich beim Bauen von Bioinformatik-Lösungen in Perl
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Bioperl Stichworte

analysieren analysieren automatisieren Bioinformatikanalyse. Bioinformatik-Parser Bioinformationsautomation.

Bioperl Beschreibung

Open-Source-Toolkit von Perl-Modulen nützlich beim Bauen von Bioinformatik-Lösungen in Perl BIOperl ist auf objektorientierte Weise gebaut, so dass viele Module voneinander abhängen, um eine Aufgabe zu erreichen. Die Sammlung von Modulen im Bioperl-Live-Repository besteht aus dem Kern der Funktionalität von BIOperl. Zusätzlich Hilfsmodule zum Erstellen von grafischen Schnittstellen (BIOperl-GUI), persistierender Speicher in RDMBs (BIOperL-DB), Laufen und Analysieren der Ergebnisse von Hunderten von Bioinformatik-Anwendungen (RUN-Paket), Software zur Automatisierung von bioinformatischen Analysen (BIOperl-Pipeline) sind alle Erhältlich als Subversionsmodule in unserem Repository.Das Bioperl-Toolkit ist in mehrere Pakete unterteilt, die meisten Menschen möchten nur mit dem Kernpaket umgehen: · Das Kernpaket liefert die wichtigsten Parser, dies ist das Basispaket und ist von allen anderen Paketen erforderlich (BIOPERL-LIVE SVN-Verzeichnis) · Das RUN-Paket stellt Wrapper bereit, um einige 60 übliche Bioinformatik-Anwendungen auszuführen (Bioperl-Run in SVN) · BioperL-DB-Paket ist ein Teilprojekt, um Sequenz- und Anmerkungsdaten in einer BIOSQL-relationalen Datenbank zu speichern (BIOperl-DB in SVN) ). · Netzwerkpaket analysiert und analysiert Protein-Protein-Interaktionsdaten (Bioperl-Netzwerk in SVN) .Fink-Installation: Um die Entwicklerfreigabe von BIOperl zu installieren, geben Sie das FollowIn ein g Befehl: "Fink install bioperl-pmxxx", wobei xxx die auf Ihrem System installierte Perl-Version (z. B. 586 oder 588) installiert ist (z. B. 586 oder 588). Bedingungen der GNU GPL oder der perl künstlerischen Lizenz.

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