 | trepe.recipe.pipeline.Konfigurieren Sie eine Traubenpipeline in einem einfachen Schritt |
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trepe.recipe.pipeline. Ranking & Zusammenfassung
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trepe.recipe.pipeline. Stichworte
trepe.recipe.pipeline. Beschreibung
pepe.recipe.pipeleline ist ein Python-Modul, das alles vorbereitet, was zum Ausführen von Traubenpipelines erforderlich ist, sodass Sie keine Befehlszeilenoptionen schreiben müssen die Traubenpipelines. Sobald alle Accessions- und Pipeline-Profile definiert wurden und die Buildout-Teile erstellt wurden, starten und ausgeführt werden, beginnen wir sie. Wenn wir FastQ- oder BAM-Dateien für ein Projekt erhalten, müssen wir normalerweise: 1. Definieren Sie die Zugänge und Profile in der Traube.Buildout / ACCESIONS / MYPROJECT / DB.CFG Grape.Buildout / Profile / MyProject / DB.CFG2. Erstellen Sie einen Pipeline-Projektordner in Traube.Buildout / Pipelines / MyProject3. Konfigurieren Sie den Buildout in der Traube.Buildout / Pipelines / MyProject / Buildout.cfg4. Führen Sie den Buildout in der Traube aus. BUILLOUT / PIPELINES / MYPROJECT5. Führen Sie die ersten Pipelines in Trauben an von grape.pipeleline, so dass Sie dies nicht tun müssen = trauben.recipe.pipeleline Rezept = Hexagonit.Recipe.Download-URL = http://big.crg.cat/~mroder/Graps/Grape.Recipe.pipeline-1.1.tar.gz md5sum = 5BD87D4D56A61B019CCCC854F040F1D6D Destination = SRC / Traube.Recipe.Pipeline Strip-Top-Level-Dir = True Hash-Name = FALSETHEN Sie können dieses Rezept wie diesen verwenden: Teile = Testrun ... Pipeline-Konfiguration für Kürze entlassen ... Rezept = treecipe.pipeline-Beitritt = testRun1ConfigurationHer ist ein komplettes Beispiel dafür, wie die Pipelines konfiguriert sind, t Aken aus dem Testprojekt in der Traube.Buildout.First Wir definieren einen Beitritt im Beitritt / test / db.cfg :: spezies = homo sapiens reailtype = 2x76 cell = nhek rnaextract = longpolya localisation = cell replication = 1 Qualitäten = Solexa TYPE = FASTQ File_Location = $ {Buildout: Verzeichnis} /SRC/TestData/testa.r2.fastq.gz $ {Buildout: Verzeichnis} /SRC/TestData/testa.r1.fastq.gz $ {Buildout: Verzeichnis} / src / Testdaten / testB.r2.fastq.gz $ {buildout: Verzeichnis} /src/testdata/testB.r1.fastq.gz Probe = Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testA.2 Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testA.1 Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testB.2 Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testB.1 mate_id = testA.2 testA.1 TestB .2 testb.1 pair_id = testa testa testb testb label = test test test test type = schnellqthen Wir müssen Pipeline-Lauf definieren und in Profilen / MyProject / db.cfg :: Teile = Testrun Template = $ { Buildout: Verzeichnis} /src/pipeline/template3.0.txt projectId = test db = test_rnaseqpipeline commondb = test_rna SEQPipelineCommon-Threads = 8 MAPPER = GEM-Mismatation = 2 Cluster = MEM_6 Anmerkung = $ {Buildout: Verzeichnis} /SRC/TestData/H.sapiens.ensembl.55.test.gTF GenomeseQ = $ {Buildout: Verzeichnis} / src / testdata / H.sapiens.genome.hg19.test.fa Rezept = Traube.Recipe.Pipeline-Beitritt = TestrunThe Pipelines / Test / Buildout.cfg sieht so aus: Erweitert = ../dependencies.cfg ../ ../Accessis/test/db.cfg ../../profiles/test/db.cfgGere sind Zeiger auf den Beitritt und das Profil. Die Abhängigkeitsdatei kümmert sich um die Installation aller Abhängigkeiten, wie Überlappung, Flussmittel, Juwel und der Traubenpipeline. Es installiert auch Trauben.Recipe.Pipeleline, wie in der obigen Installation von ABSCHNITT ABSCHNITTSPRODE beschrieben.Product
trepe.recipe.pipeline. Zugehörige Software
