liobeditriccript A C-Bibliothek für das Computing-Edit-Skript in linearem Speicherplatz
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Bücherei Script Editor linear linearer Raum

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Eine C-Bibliothek für das Computing-Skript im linearen Raum libeditricScript ist eine C-Bibliothek für das Computer-Edit-Skript in linearer Space.LibEdIscript ist ein Projekt, das auf die Erstellung einer Hochleistungs-Edit-Script-Berechnungsbibliothek aufgebaut ist. Das Bearbeiten des Skripts wird in Bio-Informatik und mehreren anderen Ort immens verwendet (E.G UNIX Diff). Wir finden, dass es mehrere Anwendungen gibt, die die Ausrichtung von Sequenzen berechnen müssten, und die meisten von ihnen verwenden einen direkten Algorithmus, um das Bearbeitungsskript zu berechnen, das O (N ^ 2) einnimmt. In diesem Projekt haben wir derzeit jedoch einen nicht rekursiven raumespendenden Algorithmus, um das Bearbeitungsskript in o (n) Platz zu berechnen. Die Grundidee basiert auf dem Algorithmus Hirschberg ist als das Problem der Zeichenfolge bekannt. Die Mindestkosten für das Transformieren von S1 bis S2 sind als "Entfernung" zwischen den Zeichenfolgen S1 und S2 bekannt. Die Berechnung des Bearbeitungsabstands zwischen den Saiten hat immense Anwendungen, tatsächlich verwenden wir die Bearbeitungsdistanz in unserem täglichen Lebensdauer, bearbeiten Entfernung ist das, was berechnet wird, wenn wir zwei Dateien 'diff' unternehmen '. Das Computing-Edit-Skript ist allgemeiner als nur das Datenberechnung der Bearbeitungsdistanz, der Hirschbergs Algorithmus ergibt eine platzsparende dynamische Programmierformulierung für das Berechnen des Edit-Skripts, der Algorithmus ist in der Natur rekursiv. In dieser Arbeit umsetzen wir eine nicht rekursive Version des Hirschbergs Algorithmus. Unser Kontext dieses Problems besteht darin, ein hochrangiges effizientes VLSI-Hardware zu erstellen, das das Bearbeitungsskript (minimale Kostensequenz von Einsatz, Löschen und Ändern) zwischen zwei Saiten ist, ist ein grundlegendes Problem und tritt sehr häufig auf. Common Unix-Dienstprogramme wie 'diff' basieren auf dem Berechnen des Bearbeitungsskripts zwischen den Schleppzeichenfolgen. Operationen, um die Zeichenfolge S1 auf S2 umzuwandeln. Ich habe die folgende Idee, um eine nicht rekursive Version des Hirschbergs Algorithmus aufzubauen, da der Algorithmus nicht rekursiv ist, können wir mit dieser Idee einen effizienten digitalen Stromkreis bauen. Wir verwenden eine einfache kreisförmige Warteschlange und wenden Sie die DFS (Tiefe erste Suche) an, und wir können nachweisen, dass die Kapazität dieser Warteschlange in jeder Phase des Algorithmus (log (min (min (n1, n2)) ist. Der Beweis ist einfach wir wählen geometrisch abnehmende Schnur, der von den gegebenen Strings kleinerer Länge hat (min (N1, N2)). Da wir eine tiefe Suche durchführen und die Tiefe des Unterproblembaums (log (min (min (n1, n2)) ist, so dass wir haben Am meisten (log (min (min (n1, n2)) subprobleme in der kreisförmigen Warteschlange in jeder Phase des Algorithmus.

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