Systembiologie Workbench. Systems Biology Workbench (SBW) ist ein einfacher Rahmen für die Anwendungsverbindung.
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Systembiologie Workbench. Ranking & Zusammenfassung

Systembiologie Workbench. Stichworte

Anwendung Biologie Biologie Workbench. Bio-Informatics Framework Intercommunications.

Systembiologie Workbench. Beschreibung

Systems Biology Workbench (SBW) ist ein einfacher Rahmen für Anwendungsverbindungen. Systems Biology Workbench (SBW) ist ein einfacher Rahmen für Anwendungsverbindungen. Das Projekt verwendet eine Broker-basierte, verteilte Nachrichtenübergaberarchitektur, unterstützt viele Sprachen, darunter Java, C, Perl und Python, und läuft unter Linux, OSX und Win32. Was ist SBWReRearchers in quantitativer Systeme Biologie, die eine große Anzahl von nutzen? Verschiedene Softwarepakete zur Modellierung, Analyse, Visualisierung und allgemeinen Datenmanipulation. Die Systems Biology Workbench (SBW) ist ein Software-Framework, mit dem heterogene Anwendungskomponenten in verschiedenen Programmiersprachen geschrieben und auf verschiedenen Plattformen ausgeführt werden, um die Funktionen der anderen Plattformen über ein schnelles binäres codiertes Meldungssystem zu kommunizieren und zu verwenden. Unser Ziel war es, eine einfache, leistungsstarke Software-Infrastruktur mit Open-Source-Software zu erstellen, die einfach umzusetzen und zu verstehen. SBW ermöglicht Anwendungen (möglicherweise auf separaten, verteilten Computer), um über ein einfaches Netzwerkprotokoll zu kommunizieren. Die Schnittstellen zum System sind in clientseitigen Bibliotheken gekapselt, die wir für verschiedene Programmiersprachen anbieten Diese Proliferation von Tools hat zu einer Vielzahl von Fähigkeiten und Schnittstellen geführt. Obwohl in vielerlei Hinsicht begrüßt, hat diese Proliferation zu zwei unerwünschten Nebenwirkungen geführt: 1. Jedes Tool verwendet ein eigenes Format, oft undokumentiert, um Modelle zu speichern. Das Ergebnis ist, dass ein in einem Werkzeug gespeichertes Modell nicht in einen anderen geladen werden kann. Dies behindert offensichtlich den freien Modelleaustausch von einem Werkzeug auf den anderen.2. Das zweite Problem ist, dass viele der Werkzeuge die Fähigkeiten des anderen duplizieren. Das Schreiben von Simulationswerkzeugen dauert Zeit, und viele der Projekte sind kurzlebig, was bedeutet, dass die Autoren die Werkzeuge nicht sehr weit entwickeln können. Infolgedessen bieten viele der Werkzeuge eine ähnliche Funktionalität. Im Gegensatz zu anderen Software-Entwicklungsgemeinschaften gibt es wenig Tradition der Code-Wiederverwendung in der Systembiologie-Community. Infolgedessen hat die Community viel doppelte Anstrengungen gesehen. Moder, das erste Problem, das erste Problem, das der Modellaustausch, wurde angesprochen, indem ein Standardformat für alle Werkzeugschreiber eingesetzt wurde. Diese Norm heißt Systems Biology Markup Language (SBML) zusammen mit CellML (www.cellml.org), die Einführung eines Standardformats beginnt, erhebliche Auswirkungen auf Werkzeuge der Werkzeuge zu treffen, und der Großteil der am stärksten verwendeten Werkzeuge verwendet jetzt SBML als Mittel zur Exchange-Modelle Unser Versuch, das Problem zu lösen, bestand darin, ein Software-Framework zu entwickeln, das als System Biology Workbench bezeichnet wird. Die Workbench ermöglicht verschiedene Tools, die programmatische Funktionalität an andere Werkzeuge freizulegen. Dies bedeutet, dass ein Entwickler jetzt auf frühere Arbeiten aufbauen kann, ohne die oft komplizierten internen Arbeiten anderer Werkzeuge im Detail verstehen zu müssen. Alle Entwickler müssen wissen, ist die Schnittstelle, die das Werkzeug freisetzt. Somit kann ein bestimmtes Werkzeug eine zeitabhängige Simulationsschnittstelle von einem Simulationstool freisetzen, ein anderer Werkzeugentwickler - anstatt ein anderes Simulationstool zu erfinden - kann diese Fähigkeit nutzen und ein neues Werkzeug entwickeln, das zusätzliche Funktionen ausführen kann. Die Arbeitsbelastung für den zweiten Entwickler ist stark reduziert, und sie können sich stattdessen auf neuartige Funktionalität konzentrieren. Diese Arbeit wird derzeit durch die großzügige Unterstützung von DARPA und dem DOE unterstützt.

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