Stämmig ein genauer effizienter Motivfinder für große Datensätze
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Das steme-Projekt begann das Leben als Annäherung an den Erwartungsmaximierungsalgorithmus für die Art des Modells, das in MOTIF-Finder verwendet wird, z. B. die EM-Annäherung von Meme.steme, läuft eine Größenordnung schneller als die Meme-Implementierung für typische Parametereinstellungen. STEME hat sich nun zu einem vollwertigen MOTIF-Finder selbst entwickelt. Warum eignen Sie die Bevölkerungsmotivfindungs-Technik, die auf dem bewährten Memeralgorithmus basiert. Meme ist eines der reifen und beliebten Motivfinder. Es war einer der Top-Künstler in Tompa et al.'S Benchmark-Vergleich von Motivfinders.Designed für große Daten-Setsysteme ist so konzipiert, dass er auf der Art von großen Datensätzen verwendet wird, die typischerweise von modernen biologischen Experimenten erzeugt werden. STEME wurde an der Input in den Zehner von Megabasen getestet, aber es gibt keinen Grund, warum es nicht auf größeren Datensätzen verwendet werden sollte. Fastheme ist schnell. In der Regel haben Motivfinder eine Laufzeit, die schnell mit der Größe der Eingabe wächst. Aufgrund der Verwendung von Suffix-Bäumen erleidet er dieses Problem nicht. STIME bietet Optionen, um die Laufzeit zu steuern, so dass der Benutzer steuert, so dass der Benutzer steuert, wie lange sie bereit sind, auf die Ergebnisse zu warten.flexible Motive-ModelsMany Motive-Finder (insbesondere schnelle nettanzeigene Motive) verwenden Konsens-Sequenzen als Modelle von Bindungsstellen. Diese sind nicht so flexibel, wie die PWMS, die die [PWMs verwenden, verwendet und nicht denselben Bereich von Motiven wie PWMS erfassen kann. Die Outputation von steme wurde mit Werkzeugen von Meme, Biopython und BioperL.Actory-Signifikanz-Berechnungen von Berechnungen von Berechnungen von BioPeryl getestet. Motivfinder, die nicht für große Datensätze geschrieben wurden, können die Bedeutung der gefundenen Motive oft schlecht verfeinern. Dies ist ein besonders heimtückisches Problem und ist für den Benutzer schwer zu identifizieren.verfügbarer als Web Servicesteme kann lokal auf Ihrem Computer installiert werden oder kann auf unserer Server über das Web ausgeführt werden. Package DocumentationProduct-Homepage

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