Ssummo. -Programme, um taxonomische Informationen zu den Lasten von RRNA-Sequenzen zuzuordnen
Jetzt downloaden

Ssummo. Ranking & Zusammenfassung

Ssummo. Stichworte

Python Sequenzen Taxa

Ssummo. Beschreibung

Ssummo ist eine Bibliothek von Funktionen, die um iterativ mit HMMER entwickelt wurde, um Taxa Sequenzen zuzuweisen. Die Ergebnisse sind sehr ankommende Bäume, die Arten- / Gattungsverteilung in dieser Community zeigen. Mit dem Quellcode enthaltene Programme umfassen Tools an: - eine hierarchische Datenbank mit versteckten Markov-Modellen erstellen - diktify.py; - Ssummo.py ; - Analysieren Sie die biologische Vielfalt mit Simpson, Shannon und anderen Methoden - Rangabundance.py; - Visualisieren Sie die Ergebnisse als Cladogramme mit einer unterschiedlichen Fähigkeit, Datasets leicht zu vergleichen - vergleichen Sie Datasets - Vergleiche_Results.py- Konvertieren von Ergebnissen in das Phyloxml-Format: dict_to_phyloxml.py; - Build HTML-Vertretung - dict_to_html.py .- Plot Rarefaction-Kurven und Berechnen entsprechender Biodiversitätsindizes Python-Quellcode wird hier bei Google Code bereitgestellt. Die vorbuillierte hierarchische Datenbank von HMMS sowie eine optimierte SQL-Taxonomie-Datenbank (für den Abzug von Rängen jedes Taxon) können heruntergeladen werden: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/download/for installation, Bitte beziehen Sie sich auf die Readme. Für Nutzungsinformationen gibt es ein Wiki (oben), und dem SVN-Trunk-Handbuch wurde ein vorläufiger Benutzerhandbuch hinzugefügt

Ssummo. Zugehörige Software