Segm SEGM-Programm zur Segmentierung von MR-Bildern des Gehirns.
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SEGM-Programm zur Segmentierung von MR-Bildern des Gehirns. SEGM-Programm für die Segmentierung von MR-Bildern des Brain.SEGM ist ein Satz von Bildanalyse-Tools, die von dem Gehirnverhaltenslabor der Universität von Pennsylvania entwickelt und verwendet werden. Es besteht aus einer Reihe von Programmen (Brainmask, KMEAN_3DSEG und ADPKMMMEAN_3DSEG_EBETA), die ursprünglich von Michelle Yan zur Verwendung mit spezifischen MR-Imaging-Protokollen entwickelt wurde, die im Hirnverhaltenslabor verwendet werden. Sie sind für die quantitative Analyse von MRI-Bandbildern des menschlichen Gehirns bestimmt, und insbesondere für die automatische Segmentierung in Gewebearten. Während diese Programme selbst sehr effektiv für die besonderen MR-Imaging-Protokolle gezeigt haben, für die sie konzipiert wurden, haben sie sich an andere Imaging-Protokolle anpassungsfähig erwiesen. Während sie weiterhin in BBL für die Bildanalyse stark verwendet werden, werden sie für neue Anwendungen nicht empfohlen. Wir erwarten keine weiteren Änderungen an SEGM, außer vielleicht, um krippelende Fehler zu beheben oder den Datenaustausch mit neuerer und tragbarerer Programme zu unterstützen Es ist in jedem Fall oft vorzuziehen, dass SEGM für neue Anwendungen vorzuziehen. Dies wurde durchgeführt, weil die meisten oder alle Bilddateien bei BBL auf der Sparc-Workstation generiert und gespeichert wurden, und es schien einfacher zu haben, dass Programme auf allen anderen Planforms lesen und dieses Format lesen und schreibe, als die Datendateien ständig umzuwandeln. Instillation: SEGM hat war erfolgreich zusammengestellt und läuft unter Red Hat Linux 6.2 für Intel und Solaris 2.7 für Sparc. (Die aktuelle Version erfordert den GCC-Compiler, hauptsächlich, weil wir nicht die Zeit hatten, genau herauszufinden, wie die gemeinsame Bibliothek von Suns CC Compiler zusammengestellt wird. Korrekturen, die den Erfolg auf anderen Maschinen und Betriebssystemen ergeben. Wenn Sie sowohl Bblimage als auch SEGM installieren, sollten Sie SEGM zuerst installieren, dann bblimage; Es gibt einige installierte Dateien, die zwischen diesen beiden Paketen geteilt werden, und Bblimage ist am wahrscheinlichsten die neueste Version. Die folgenden Schritte reichen in der Regel aus: 1. Entpacken Sie die TAR-Datei und die CD in den Quellbaum.2. Run " / local / lib '. Sie können ein anderes Installationspräfix als `/ usr / local 'angeben, indem Sie die Option" --Prefix = Pfad' konfigurieren "angeben. Verwenden Sie zum Beispiel ./configure --prefix = / home / hughetto Die Programme in / home / hughett / bin, die mannseiten in / home / hughett / mann, und die gemeinsame Bibliothek in / home / hughett / lib / 3 . Laufen Sie "Machen", um alles zusammenzustellen und zu verknüpfen.4. Wenn Sie ein Programmierer sind, führen Sie "Tags" ausführen, um die Tags-Datei für Emacs zu erstellen. Wenn Sie ein VI-Partisan sind, machen Sie den offensichtlichen Wechsel zum Makefile First.5. Führen Sie als root, rennen Sie "Installieren", um alle ausführbaren Binaries und Man-Seiten, typischerweise in / usr / lokal / bin und / usr / lokal / mann zu installieren. (Das Makropräfix in den Makefile-Steuerelementen, in denen die Dateien installiert sind; Sie möchten sich möglicherweise ansehen, um sicherzustellen, dass die Konfiguration korrekt erraten hat.) 6. Möglicherweise müssen Sie auch die Suchpfade für Binärdateien und MAN-Seiten (normalerweise Pfad und Manpath) ändern .7 .7. Die gemeinsame Bibliothek libsegm.SO ist in $ Prefix / lib installiert. Möglicherweise müssen Sie dieses Verzeichnis dem Suchpfad (normalerweise ld_library_path) für gemeinsame Bibliotheken hinzufügen.

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