Pyfasta Pythonic-Zugriff auf Fasta-Sequenzdateien
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Pyfasta Ranking & Zusammenfassung

Pyfasta Stichworte

Python-Bibliothek Python Reihenfolge FASTA-Sequenz Fasta

Pyfasta Beschreibung

Pythonic-Zugriff auf Fasta-Sequenzdateien Pyfasta ist eine Bibliothek, die Pythonic-Zugriff auf Fasta-Sequenzdateien bietet.Eage: .. Sourcecode :: Python >>> von Pyfasta Import FASTA >>> F = FASTA ('Tests / Data / Three_chrs.Fasta') >>> sortiert (f.keys ()) >>> f FastAgz ('Tests / Data / Three_chrs.fasta.gz', 0..80) >>> F 'Actgactgac' # Der Index speichert den Start und den Anschlag jeder Header von der TEH FASTA-Datei >>> F.Index {'chr3': (160, 3760), 'chr2': (80, 160), 'chr1': (0, 80 )} # KANN BRATE BRATE BY A 'Feature' Wörterbuch >>> F.Sequence ({'CHR': 'CHR1', 'START': 2, 'STOP': 9}) 'Ctgactga' # mit umgekehrter Ergänzung für - Strang >>> F.Sequence ({'chr': 'chr1', 'Start': 2, 'Halt': 9, 'Strand': '-'}) 'tcagtcag' # erstellt ein .gz und ein .gdx-Gurken des FASTA und des Index. >>> Import von OS >>> sortiert (OS.ListDir (Tests / Data / ')) # CLEANUP (obwohl diese für den echten Gebrauch für einen schnelleren Zugriff bleiben) >>> os.unlink (Tests / data / three_chrs.fasta.gdx ') >>> OS.UNLINK ('Tests / Data / Data / Three_chrs.fasta.gz') Anforderungen: · Python Was ist neu in dieser Version: · Legen Sie die Datei nicht jedes Mal erneut! · Zulassen Sie Räume vor und nach dem Header in der orginalen FASTA.

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