Proteinshop Proteinshop ist ein interaktives Werkzeug zum Manipulieren von Proteinstrukturen.
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Proteinshop Ranking & Zusammenfassung

Proteinshop Stichworte

Manipulation Protein Interaktives Werkzeug Bioinformatik Bio-Informatics-Anwendung Proteinmanipulator

Proteinshop Beschreibung

Proteinshop ist ein interaktives Werkzeug zum Manipulieren von Proteinstrukturen. Proteinshop ist ein interaktives Werkzeug zum Manipulieren von Proteinstrukturen. Es wurde entwickelt, um schnell eine Reihe von Proteinkonfigurationen mit menschlichem Wissen und Intuition zu erstellen. Diese Konfigurationen können einer lokalen oder globalen Optimierung unterzogen werden. Obwohl Proteinshop den globalen Optimierungsprozess selbst nicht ausführt, bietet es ein Rahmen, mit dem Sie mit einem globalen Optimierungsprozess interagieren können, der möglicherweise auf einem Remote-Maschine ausgeführt wird. Ein 3D-Protein "aus Kratzer", dh einer Aminosäure zu einer Zeit, aus einer Aminosäuresequenz und einer Sekundärstrukturvorhersage. · Laden einer 3D-Proteinstruktur aus einer PDB-Datei. · Stellen Sie Standardvisualisierungstechniken wie Atom-Kugel, Bond-Stick bereit. und Cartoon Rendering.Level II: Interaktive Manipulation der 3D-Proteinstruktur durch wechselnde dialedrische Winkel entlang des Rückgrates · manuelle Sekundärstrukturausrichtung durch Ziehen ausgewählter Sekundärstrukturen (Alpha-Helices und Beta-Stränge). · Ändern Sie die Form von Beta-Strängen durch Zulassen von Verdrehen, Kräuseln und Falten. · Formulieren Sie parallele / antiparallelige Beta-Blätter automatisch. · Sparen / Laden von Fragmenten des Proteins für die Wiederverwendung in der anderen Konfiguration s. · Helfen Sie, sekundäre Strukturen auszurichten, tertiäre Strukturen zu bilden, indem Visualisierungsführungen und -markierungen wie Wasserstoffbindung-Rendering und Atom-Kollisionsvisualisierung bereitgestellt werden. · Ändern Sie sekundäre Strukturtypen für ausgewählte Aminosäuren "on-the-fly", um mit schwacher oder widersprüchlicher Sekundärer zu experimentieren Strukturvorhersagen. · Bewerten Sie die Energie einer 3D-Proteinstruktur mit extern bereitgestellter Energieberechnungscode. · Berechnete Energy-Energy.Level III anzeigen: Monitor / Steer A (Remote) Global Optimization-Prozess · Verbinden Sie sich mit einem globalen Optimierungsprozess. · Download Kandidatenkonfigurationen aus einem Optimierungsprozess. · Manipulierte Konfigurationen zum Optimierungsprozess hochladen. · Optimierungsoptimierungsprozess durch Herunterladen des gesamten Tree-Tree-Trees. Hier sind einige wichtige Funktionen von "Proteinshop". Verfügbar von Vorhersageservern über das Internet erreichbar. · ES E nables Wissenschaftler, um ihr biochemisches Wissen und seine Intuition während der interaktiven Manipulation von Proteinstrukturen anzuwenden. · Es bietet eine Visualisierung von freien Energie, die während der Modellierung berechnet werden, um den Vergleich und die Analyse alternativer Strukturen zu erleichtern. · Es beschleunigt die Entdeckung mit niedriger Energiekonfigurationen, indem sie lokale Optimierungen anwenden Benutzerausgewählte Proteinstrukturen. · Es erstellt automatisch eine Vielzahl von Beta-Konfigurationen, die auf Wahrscheinlichkeiten für Beta-Blechtopologien basieren, und passende Ausrichtungen. Im SRC Directory.go in das Verzeichnis "SRC" enthalten, tippen Sie dann 'MAKE', um ProteinShop aufzubauen. *** Die FLTK-Einstellung im MakeFilethe-Compiler erwartet Dateien unter $ (FLTK_BASE) / $ (Incdir), Bibliotheken unter $ (FLTK_BASE) / $ (libdir), und alle benötigten Build-Tools unter (FLTK_BASE) / $ (BindIR). Wenn Sie ein anderes Setup haben, müssen Sie die COMPILER-Flags unterhalb bearbeiten Wenn sich der Linker über undefinedsymbols beschwert, fügen Sie die unten nach unten hinzu, die unten, bevor Siedk.FLTK_LIBS = -L $ (FLTK_BASE) / $ (libdir) -lflhtk_gl -lfltk (libdir) -lfltk_gl -lfltk (libdir) -lflhtk_gl -lfltk, hinzufügen

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