Pathvisio. Leicht anzeige und bearbeiten Sie biologische Wege
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Pathvisio. Ranking & Zusammenfassung

Pathvisio. Stichworte

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Pathvisio. Beschreibung

Biologische Wege leicht anzeigen und bearbeiten Pathvisio ist ein Antrag zum Anzeigen und Bearbeiten von biologischen Wegen. In einem Sinn-Pathvisio können Sie Wege wie in jedem Zeichnungsprogramm wie PowerPoint oder Photoshop nachweisen. Der Unterschied besteht jedoch darin, dass Pathvisio den biologischen Kontext eines Weges verstehen kann, da Sie biologische Entitäten (Gene oder Proteine) in Ihren Wegen mit biologischen Daten mithilfe von Datenbankkennungen verknüpfen können. Dadurch können Sie experimentelle Daten (z. B. Microarray-Daten) zuordnen und visualisieren es auf dem Wegzeichnung. HINWEIS: Das Zuordnen von experimentellen Daten ist noch nicht ein Feature von Pathvisio 1.1, aber Sie können dies in Kombination mit Genmapp oder mit zusätzlichen Plug-Ins für Pathvisio tun). Hier sind einige wichtige Funktionen von "Pathvisio": Erstellen eines neuen Weges: · Erstellen Sie einen neuen Pfad, indem Sie Strg + N drücken oder Datei> Neu auswählen. Ein leerer Zeichnungsbereich öffnet, wo Sie den Weg bearbeiten können. Um einen Pfad zu speichern, klicken Sie auf STRG + S oder wählen Sie Datei> Speichern. Eröffnung eines vorhandenen Weges: · Öffnen Sie eine vorhandene Pfaddatei, indem Sie Strg + O drücken oder Datei> Öffnen auswählen. Ein Dateibrowser öffnet, wo Sie zur gewünschten Pfaddatei navigieren können. Suche nach Pfaden: Mit Pathvisio können Sie nach Wegen suchen, die ein bestimmtes Genprodukt enthalten. Sie können Wege auf zwei Arten suchen: · Gen-Symbol (Gename) · Genkennung (wie in der Synonymdatenbank definiert) Suche nach Gen-Symbol: · Diese Methode sucht nach allen Wegen, die ein oder mehrere Genprodukte enthalten, für die das Gen-Symbol den angegebenen Suchtext enthält. Um nur Genprodukte zu finden, an denen das Symbol genau mit dem Suchtext übereinstimmt, fügen Sie "" vor und nach dem Text hinzu (z. B. TP53, um nach genauen Übereinstimmungen von "TP53" zu suchen). · Um die Suche zu starten, gehen Sie in der Registerkarte Pfadsuche in der Seitenansicht oder wählen Sie Bearbeiten> Suchpfade aus. Wählen Sie in der Suchoberfläche Symbol in der Dropdown-Liste suchen aus. · Geben Sie das Gen-Symbol ein, nach dem Sie im Feld Symbol Text suchen möchten. · Wählen Sie das Verzeichnis aus, das Sie suchen möchten (Unterverzeichnisse werden mithilfe der Schaltfläche Durchsuchen eingeschlossen). · Klicken Sie auf die Schaltfläche Suchen, um die Suche zu starten. Suche nach Genkennung: · Diese Methode sucht nach allen Wegen, die ein oder mehrere Genprodukte enthalten, die der angegebenen Kennung entsprechen. Gene Produkte, die über Cross-Referenzen in der Synonymdatenbank verknüpft sind, sind ebenfalls enthalten. · Um die Suche zu starten, gehen Sie zur Suchregisterkarte in der Seitenansicht oder wählen Sie Bearbeiten> Suchpfade aus. Wählen Sie in der Suchoberfläche ID in der Dropdown-Liste Suchen aus. · Geben Sie die Genkennung ein, nach der Sie im ID-Textfeld suchen möchten. · Wählen Sie das Datenbanksystem aus. Die ID gehört zu (siehe auch Link zu Datenbanken). · Wählen Sie das Verzeichnis aus, das die von Ihnen gewünschten Pfaddateien enthält (Unterverzeichnisse werden mit der Browse-Schaltfläche aufgenommen). · Klicken Sie auf die Schaltfläche Suchen, um die Suche zu starten. Suche läuft Suchergebnisse: · Die Suchergebnisse werden in der Seitenwand angezeigt. Die Ergebnistabelle zeigt Wege, die ein oder mehrere Genprodukte aufweisen, die dem von gesuchten Symbol oder Kennzeichen entsprechen. Wenn Sie auf einen Weg in der Tabelle doppelklicken, öffnet Pathvisio diesen Weg und hebt die relevanten Genprodukte mit einem grünen Umriss hervor. Sie können diese Hervorhebung durch Nichtprüfungs-Highlights-Matches deaktivieren. Anforderungen: · Java 2 Standard Edition Runtime-Umgebung Was ist neu in dieser Version: · Verbesserter Algorithmus für automatische Anschlüsse, die auf einen Anker zeigen. · Verbesserte Zeichnung von Pfeiltypen, die am Ende eine kurze "Lücke" haben. · Da der Thawte Freemail-Dienst storniert wurde, haben wir unser Sicherheitszertifikat aktualisiert · Der Pathway History Viewer hatte einen Fehler, in dem jede Zeile als modifiziert betrachtet wurde, auch wenn dies nicht der Fall war. Das wurde behoben.

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