Hapcluster ++. HAPCluster ++ ist ein Softwarepaket für die Verknüpfung der Ungleichgewichtsmaping mit Koaleszentheorie.
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Hapcluster ++. Ranking & Zusammenfassung

Hapcluster ++. Stichworte

Verknüpfung C ++ - Implementierung. Verbindungsungleichgewicht Genapper Hapcluster ++. Ungleichgewicht

Hapcluster ++. Beschreibung

Hapcluster ++ ist ein Softwarepaket für die Verknüpfung des Ungleichgewichts mit der Koaleszentheorie. Hapcluster ++ ist ein Softwarepaket für die Verknüpfung Unzufriedenheitskartierung mit COALESHENT THEORY.HAPCluster ++ basiert auf einem Bayesian-Markov-Ketten-Monte Carlo (MCMC) -Methode für das Fine-Scale-Verknüpfung-Ungleichgewicht-Gen-Mapping mit hoher Dichte-Marker Maps.HAPCluster ++ ist eine C ++ - Implementierung von Das in der folgende Papier beschriebene Methode (die ursprüngliche Implementierung war in R) .installation: HAPCluster ++ ist in C ++ geschrieben und ist als Quellcode (unter der GNU General Public License, GPL) und als binären Versionen als Linux RPM-Dateien erhältlich. Der Quellcode wurde auf verschiedenen Linux- und UNIX-Systemen erfolgreich zusammengestellt. Da ich nur einen begrenzten Zugang zu anderen Architekturen als Linux habe, ist es mir nicht möglich, binäre Distributionen für andere Plattformen zu machen, aber wenn jemand bereit ist, die Distributionen aufzubauen, werde ich mehr als glücklich sein, sie auf diese Website zu bringen. Die Quelldateien, erstes Unkomprimieren und Unerwartung der Datei, dann rennen Sie "Konfigurieren" und schließlich "make". Um zu testen, dass der Build erfolgreich war, rennen Sie "Check". Um das Programm installieren, rennen Sie "Installieren". $ tar zxf hapcluster-version.tar.gz $ CD Hapcluster-Version $ ./configure $ MAKE $ MAKE $ MAKE $ MAKE-Installation: HapCluster ++ wird auf der Befehlszeile gestartet, die als Eingabe einer Datei mit Markerpositionen und einer Datei mit phasengesteuerten Haplotypen verwendet wird : $ hapcluster positions.txt Haplotypen '. Die Haplotypen werden als paarweise genotype genommen, so dass auch die Zahlen J der Linien J und J + 1 als Haplotypen für einzelne J / 2 genommen werden. Die erste Spalte ist ein "Pseudo'-Allel, der für die Fall- / Steuerungsdichotomie verwendet wird: Eine '0' in der ersten Spalte wird beabsichtigt, dass der Haplotyp ein Steuerungshaplotyp ist, und eine '1' an der ersten Spalte wird bewertet dass der Haplotyp ein Fallhaplotyp ist. Wenn Sie laufen, gibt das Programm Proben aus der hinteren Dichte der Krankheitsdichte. Diese Proben können dann in anderen Softwarepaketen analysiert werden, beispielsweise z. R. Standardmäßig wird die Proben des Krankheitsorts in Standard geschrieben, dies kann jedoch mit der Option -o in eine Datei geändert werden. Führen Sie HapCluster --help aus, um eine vollständige Liste der von hapcluster akzeptierten Befehlszeilenoptionen zu erhalten, die in dieser Version neu akzeptiert werden.

Hapcluster ++. Zugehörige Software