Codonw. CODONW ist ein Programm, das die multivariate Analyse (Korrespondenzanalyse) der Codon- und Aminosäure-Verwendung vereinfacht.
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Codonw. Ranking & Zusammenfassung

Codonw. Stichworte

Säure Codon multivariate Analyse Korrespondenzanalyse. Säureverbrauch Amino

Codonw. Beschreibung

CODONW ist ein Programm, das zur Vereinfachung der multivariaten Analyse (Korrespondenzanalyse) der Codon- und Aminosäure-Nutzung vereinfacht wird. CODONW ist ein Programm, das zur Vereinfachung der multivariaten Analyse (Korrespondenzanalyse) der Codon- und Aminosäure-Nutzung vereinfacht wird. Es berechnet auch Standardindizes der Codon-Nutzung. Es hat sowohl Menü- als auch Befehlszeilenschnittstellen.Das Codonw-Projekt wurde von John Peed im Labor von Paul Sharp, der Abteilung von Genetik, University of Nottingham, geschrieben. John arbeitet in der Human Genetics und ist derzeit als Procardis-Datenbankmanager an der Wtchg in der Universität von Oxford Unabhängig · Keine Grenzwerte auf 1. Anzahl der Sequenzen 2. Sequenzlänge · Berechnet die Codon-Nutzungsindizes1. CAI: Codon Adaption Index2. FOP: Häufigkeit von optimalen Codons3. NC: Wirksame Anzahl von Codons4. CBI: Codon-BIAS-Index · Berechnet die Aminosäureindizes1. SOVY Score2. Aromatizität · Berechnet die Korrespondenzanalyse von 1. Codon-Usage2. RSCU (relativ auch Codon-Nutzung) 3. Aminosäureverbrauch · Korrespondenzanalyse 1. Kann Codons / Aminosäuren2 enthalten / ausschließen. kann detaillierte Berichte über Trends erstellen3. Versuche, optimale Codons automatisch zu identifizieren4. Erlauben können zusätzliche Datensätze hinzugefügt werden. 5. Zeichnet eine beliebige Anzahl von Trends auf Gen Länge2. GC, GC3S und Codon-Positionsspezifische G + C 3. Dinukleotidzusammensetzung (in allen drei Codonrahmen) 4. Aminosäure Usage5. Relative Aminosäure-Verwendung6. Codon-Nutzung7. Relativ-Synonym-Codon-Nutzung · Kann Sequenzen konzeptionell auf Protein · Reformate-Sequenzdaten · Human- oder maschinelles lesbarer Ausgang · Kann die Gene (dabei, Leserahmen beibehalten) verketten, um zu berechnen1. Gesamt-Codon-Usage2. Gc content3. Dinukleotidzusammensetzung · Erzeugt Tische von Codon, Aminosäure oder RSCU-Nutzung · Kann sogar helfen, den genetischen Code zu lernen. · Und mehr

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