Chromosom :: Karte. Erzeugen Sie GD-Bilder von Chromosomenkarten
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Perl-Modul Generator Karten GD-Bilder Chromosomenkarten Chromosom

Chromosom :: Karte. Beschreibung

Generieren Sie GD-Bilder von Chromosomenkarten Chromosom :: MAP ist ein Perl-Modul, das die chromosomale Kartenbilddatei erstellen kann. Es kann verwendet werden, um genetische oder physische Karten zu zeichnen. Mehrere Titel (d. H. Liste der Markierung) können der chromosomalen Karte hinzufügen: Marker Track- und QTL-Intervallregionspur (siehe Synopsis). Eine Liste der Code-Farben ist unter http://chicken.Genouest.org/documentations/chromosomemap/#colorsSynopsis #! / Usr / bin / perl -w # Dieses Skript erzeugt eine chromosomale Karte mit mehreren Markierungen und einem QTL-Intervallbereich. Einem gefälschten% gc-Inhalt wird dem Chromosomenverbrauch strikt hinzugefügt; Verwenden Sie Chromosom :: Karte; my% h = (ADL120 => '25', ADL035 => '5', ADL034 => '4', MCW014 => '110', MCW123 => '89', MCW340 => '70', Lei456 => '132', Lei451 => '130', Lei452 => '130,5', Lei453 => 130,7 ', Lei454 =>' 131 ', Lei455 =>' 131.4 ', Lei457 =>' 132 ', MCW087 =>' 50 ', MCW012 =>' 12 ', MCW051 =>' 51 ', ADL121 =>' 26 ', ADL123 =>' 27 ', ADL122 => '26 .2', MCW114 => '45', Lei258 => '15 ', MCW240 => '45 .1', MCW247 => '110', LEI556 => '44', MCW614 => '45 .2 ', ADL067 =>' 5,3 ', MCW140 => '45 .2', Lei056 => '45 .6 ' ,); Meine $ MAP = Chromosom :: MAP-> NEU (-Length => '140', -Name => 'GGA5', -Height => '500', -units => 'cm',); meine $ Größe = $ map-> get_map_size; meine $ Units = $ map-> get_map_units; Karte drucken Größe: $ § "; mein $ mark_track = chromosom :: map :: track-> neu (-name => 'Marker', -Type => 'Marker',); My $ qtl_track = Chromosom :: MAP :: TRACK-> NEU ( -Name => 'qtl', -type => 'Intervall',); My $ gc_track = Chromosom :: Map :: Track-> NEU (-Name => '% GC-Inhalt', -Type => 'Feature' , -display => 'relativ', -render => 'Gradienten',); # Hinzufügen von Tracks, um $ map-> add_track ($ mark_track); $ map-> add_track ($ qtl_track); $ map-> add_track ( $ Gc_track); mein $ nb_track = $ map-> get_nb_tracks; drucken "NB-Track: $ nb_track "; # Erzeugen einer falschen Funktion relativer Elemente und fügte sie nur zum Veranschaulichungszweck My% gc; für (mein $ i $ = 0; $ naw (-Loc => $ nb, -color => Indigo ', - Wert => $ gc {$ nb}, -valuetype => 'relativ',); $ gc_track-> add_element ($ gc);} my @color = qw (blueviolet darkgoldenrod schwarze Softblue Khaki rote blaue Tomate); FOREACH MEIN $ Mark (Schlüssel% h) {My $ i $ i = ABS (Int (Rand ($ # Color))); mein $ marker = chromosom :: map :: element-> neu (-name => $ mark, -loc => $ H {$ mark}, -color => $ farbe ,); $ mark_track-> Add_Element ($ marker);} # Definieren von QTL-Element My $ qtl1 = chromosom :: map :: block-> neu ( -Name => 'bw', -start => '3', -end => '11', -color => 'darkgoldenrod',); mein $ qtl2 = chromosom :: map :: block-> neu (- Name => 'Fat', -start => '92', -end => '100', -color => 'darkgoldenrod',); mein $ qtl3 = chromosom :: map :: block-> neu (-name => 'Lean', -start => '112', -end => '120', -color => 'darkgoldenrod',); mein $ qtl4 = chromosom :: map :: block-> neu (-name = > 'Egg dev', -start => '95', -end => '115',); mein $ qtl5 = chromosom :: map :: block-> neu (-name => 'ic', -start => '91', -end => '122', -color => 'blueviolet',); Mein $ qtl6 = Chromosom :: MAP :: BLOCK-> NEU (-Name => 'geboren', -start => '20', -end => '130',); Mein $ qtl7 = Chromosom :: MAP :: BLOCK-> NEU (-Name => 'Reproduktion', -start => '20', -end => '130',); $ qtl_track-> Add_Element ($ qtl1); $ qtl_track-> Add_Element ($ qtl2); $ qtl_track-> Add_Element ($ qtl3); $ qtl_track-> Add_Element ($ qtl4); $ qtl_track-> Add_Element ($ qtl5); $ qtl_track-> add_element ($ qtl6); $ qtl_track-> Add_Element ($ qtl7); meine $ png = $ map-> png; mein $ filesame_png = "chr_map.png"; Offen (PNG, "> $ fileName_png") || Die "Datei nicht erstellen: $ filesame_png! "; binmode png; png $ png drucken; schließen png; Anforderungen: · Perl.

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